Maklumat

Adakah cukup untuk mengenal pasti genus kulat (khususnya cendawan)?

Adakah cukup untuk mengenal pasti genus kulat (khususnya cendawan)?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Adakah genus cendawan mempunyai maklumat yang mencukupi mengenainya, tanpa spesies?

Katakan saya ingin mengenal pasti cendawan (semasa memetik) untuk melihat sama ada saya boleh memetik dengan selamat dan kemudian memakannya. Katakan saya berjaya mengenal pasti genus cendawan (menggunakan buku panduan kunci pengenalan seperti ini). Adakah ini cukup untuk menentukan sama ada cendawan itu boleh dimakan atau tidak? Adakah cukup untuk menentukan maklumat umum lain mengenainya? Tambahan pula, adakah ia cukup untuk menentukan sama ada ia baik untuk dimakan (seperti tidak pahit)? Sebagai contoh, saya tahu bahawa sesetengah cendawan yang boleh dimakan mempunyai cendawan lain yang hampir sama dengan cendawan yang tidak boleh dimakan atau yang pahit dan sukar untuk dimasak.

Dalam erti kata lain, adakah terdapat mana-mana genus cendawan yang secara amnya diiktiraf sebagai boleh dimakan tetapi sebenarnya mengandungi kedua-dua spesies cendawan yang boleh dimakan dan tidak boleh dimakan di dalamnya?


Sekali lagi, saya akan berkata: tidak, genus tidak mencukupi.

Contoh lain: boletes (khususnya, genus Boletus).

Menurut Kolej Wilderness:

Salah satu kumpulan cendawan liar yang boleh dimakan yang paling biasa dan terkenal ialah boletes atau spesies boletus (Boletus)…

Tetapi

Banyak spesies dalam kumpulan ini boleh dimakan, dengan hanya segelintir yang beracun. Spesies boletus beracun mempunyai liang merah atau oren dalam. Di luar beberapa spesies toksik, beberapa spesies boletus adalah pahit atau tidak boleh dimakan.

Contohnya, lihat di sini untuk senarai cendawan boletus yang boleh dimakan (cth., B. edulis), manakala beberapa contoh Boletus spesies yang perlu dielakkan termasuk: B. huronensis dan B. syaitan

Isu tambahan untuk mengklasifikasikan semua spesies dalam genus sebagai "selamat untuk dimakan," ialah klasifikasi kami tidak selalu mencerminkan sebenar persatuan taksonomi. Dalam erti kata lain, sesetengah kumpulan bukan monofiletik dan ciri evolusi (dan oleh itu fisiologi/pemakanan) mereka tidak boleh diandaikan berasal daripada nenek moyang yang sama .

Ini nampaknya benar tentang boletes. Daripada Wikipedia:

Boletus telah didapati sebagai polifiletik secara besar-besaran, dengan hanya peratusan kecil daripada lebih 300 spesies yang telah diberikan kepada Boletus sebenarnya tergolong di sana dan memerlukan penerangan dan kebangkitan banyak lagi genera.

  • Lihat sebagai contoh: Nuhn et al. (2013)1

1: Nuhn, M.E., Binder, M., Taylor, A.F., Halling, R.E. dan Hibbett, D.S., 2013. Gambaran keseluruhan filogenetik Boletineae. Biologi Kulat, 117(7-8), ms.479-511.


Nampaknya versi mudah soalan anda ialah: adakah sesiapa boleh menghasilkan walaupun satu contoh 2 spesies kulat dalam genus yang sama di mana satu boleh dimakan dan satu lagi tidak?

Berikut adalah satu contoh:

Genus Amanita.

Genus ini mengandungi kira-kira 600 spesies dan mengandungi beberapa sangat spesies toksik -- sebenarnya, ia sering dianggap sebagai salah satu genera cendawan yang paling mematikan di dunia. Sebabnya? Dua "spesies" sahaja menyumbang sebahagian besar kematian berkaitan cendawan di seluruh dunia setiap tahun: topi kematian (A. phalloides) dan pelbagai spesies yang masing-masing dinamakan dalam bahasa sehari-hari memusnahkan malaikat (cth., A. virosa, A. bisporigera, A. ocreata dan A. verna) di kawasan geografi mereka sendiri.

Walau bagaimanapun, A. caesarea, biasa dipanggil cendawan Caesar, ialah boleh dimakan walaupun ia berada dalam genus "mematikan" ini. Daripada Wikipedia:

Amanita caesarea, biasanya dikenali sebagai cendawan Caesar, adalah cendawan yang boleh dimakan dalam genus Amanita, berasal dari selatan Eropah dan Afrika Utara. Cendawan ini juga boleh ditemui di La Esperanza, Honduras, di mana perayaan disambut setiap tahun sebagai penghormatannya. Walaupun ia pertama kali diterangkan oleh Giovanni Antonio Scopoli pada tahun 1772, cendawan ini terkenal sebagai kegemaran pemerintah awal Empayar Rom.[1]

Lihat di sini untuk perbincangan dan butiran lanjut.


Pengenalan Cendawan: Sains Bukan Sains Tepat

Terdapat lebih banyak lagi pengenalan cendawan daripada yang pertama dilihat! Halaman ini dicipta untuk menggariskan beberapa perkara yang perlu dicari apabila cuba mengenal pasti cendawan liar. Sebelum saya mendalami perkara ini dengan lebih lanjut, kita harus membincangkan beberapa perkara keselamatan yang penting:

  • Anda boleh membunuh diri makan cendawan liar. Atau sekurang-kurangnya mengalami mimpi ngeri gastrousus yang paling sengit dalam hidup anda. Jangan makan apa-apa yang anda belum kenal pasti secara positif sekurang-kurangnya tiga kali sebelum ini. Jangan sekali-kali makan apa-apa melainkan anda benar-benar pasti apa itu.
  • Terdapat pengecualian untuk setiap peraturan. Tiada peraturan yang keras dan pantas semasa mengenal pasti cendawan jadi kami tidak pernah menganggap apa-apa. Jangan ikut generalisasi seperti "all cendawan putih selamat dimakan" (bukan!). Juga jangan sekali-kali mengikut kepercayaan karut seperti: "Sudu perak akan menjadi hitam jika mengacau cendawan beracun semasa memanaskannya di atas dapur. Jika tidak, ia selamat untuk dimakan". Kepercayaan ini paling tidak boleh dipercayai.
  • Halaman ini hanyalah gambaran keseluruhan tentang beberapa petua mengenal pasti cendawan. Jangan makan sebarang cendawan berdasarkan sesuatu yang anda pelajari di sini. Ia bukan panduan dan bukan kunci yang tepat. Untuk kunci pengenalan cendawan terbaik di web, lihat halaman pautan saya.

Memandangkan kita tidak mempunyai akal yang waras, mari mulakan dengan teka-teki pengenalan cendawan yang menarik! Halaman ini dipecahkan kepada bahagian berikut:

  • Cara Belajar - Beberapa petua dan petua tentang cara untuk bermula.
    - Mengapa dan bagaimana untuk mengetahui tentang spesies beracun tempatan.
    - Apakah genus dan bagaimana ia berkaitan dengan proses pengenalan.
    - 8 faktor yang perlu diperiksa apabila melihat cendawan liar.

Mengumpul kulat corticioid aktiviti sunyi

Pada hari yang cerah selepas hujan lebat, kami keluar untuk mengumpul cendawan. Kami keluar dari kereta dan semua orang bersendirian atau bersama syarikat memulakan perjalanan. Kami ditarik ke dalam hutan oleh suhu yang lebih sejuk, cahaya malap yang ditapis oleh kanopi dan kepelbagaian cendawan di lantai hutan. Tidak lama kemudian, setiap seorang daripada kami mula merayau-rayau mengikut satu demi satu badan, dengan harapan dapat menemui penduduk kulat yang jarang ditemui atau biasa di hutan. Setelah pengumpulan selesai, semua orang membawa sampel dan meletakkannya di atas meja. Di sana saya sentiasa merasakan apa yang saya panggil kesunyian peminat kulat corticioid. Kebanyakan rakan dan rakan sekerja saya akan mengumpul agarik, boletes, dan kurang kerap polipori. Saya biasanya mengumpul Agaricomycetes seperti kerak dan ini menjadikan koleksi saya kurang menarik kepada kebanyakan orang. Perasaan mengumpul kulat ini memberi ganjaran, tetapi kekurangan orang yang kerap berkongsi keseronokan ini tidak menggalakkan.


Gambaran Keseluruhan Kaedah dan Strategi Pengenalpastian Kulat

Kulat yang dilihat di makmal klinikal secara amnya boleh dikategorikan kepada dua kumpulan berdasarkan rupa koloni yang terbentuk. The yis menghasilkan koloni lembap, berkrim, legap atau tampal pada media, manakala kulat berfilamen atau acuan (lihat Bab 60 dan 61) menghasilkan koloni yang gebu, kapas, bulu, atau serbuk. Beberapa patogen kulat sistemik mempamerkan sama ada fasa yis (atau seperti yis), dan bentuk berfilamen dirujuk sebagai dimorfik. Apabila dimorfisme bergantung kepada suhu, kulat ditetapkan sebagai dimorfik terma. Secara amnya, kulat ini menghasilkan bentuk acuan pada 25° hingga 30°C dan bentuk yis pada 35° hingga 37°C dalam keadaan tertentu.

Kulat dimorfik yang penting dari segi perubatan ialah Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, C. immitis, Paracoccidioides brasiliensis, Sporothrix schenckii, dan Penicillium marneffei (lihat Bab 60). C. immitis tidak dimorfik secara terma. Selain itu, beberapa yis yang penting dari segi perubatan, terutamanya yis Candida spesies, boleh menghasilkan bentuk yis, pseudohyphae, dan/atau hifa sebenar (lihat Bab 62). Kulat yang mempunyai lebih daripada satu bentuk bebas atau peringkat spora dalam kitaran hidup mereka dipanggil polimorfik kulat. Ciri polimorfik kumpulan organisma ini tidak bergantung kepada suhu.


Ujian Baharu Mengenalpasti Cendawan Beracun

ALBANY, CALIFORNIA, 19 Februari 2020—Satu ujian mudah alih yang boleh mengesan racun cendawan yang paling mematikan dalam beberapa minit telah dibangunkan oleh saintis Perkhidmatan Penyelidikan Pertanian (ARS) dan rakan sekerja mereka.

Makan cendawan toksik menyebabkan lebih daripada 100 kematian setahun, di seluruh dunia, dan menyebabkan beribu-ribu orang memerlukan bantuan perubatan segera. Amanitin adalah kelas toksin cendawan yang menyebabkan masalah yang paling serius.

Ujian baharu itu boleh mengenal pasti kehadiran sekurang-kurangnya 10 bahagian setiap bilion (bersamaan dengan 10 sen daripada $10 juta) amanitin dalam masa kira-kira 10 minit daripada sampel saiz butir beras cendawan atau dalam air kencing seseorang yang telah makan cendawan yang mengandungi amanitin beracun. Ujian ini juga berfungsi dengan air kencing anjing, kerana anjing diketahui makan cendawan secara sembarangan.

"Kami membangunkan ujian terutamanya untuk cendawan sebagai produk makanan. Secara kebetulan, ia cukup sensitif untuk turut mengesan toksin dalam air kencing," kata ahli mikrobiologi ARS Candace Bever, yang mengusahakan pembangunan itu. Bever bersama Unit Penyelidikan Pengesanan dan Pencegahan Toksin Bawaan Makanan di Albany, California.

Tiada ujian diagnostik klinikal titik penjagaan yang muktamad pada masa ini untuk keracunan amatoxin. Pengesanan awal amanitin dalam air kencing pesakit akan membantu doktor yang cuba membuat diagnosis.

"Harapan kami ialah doktor dan doktor haiwan akan dapat mengenal pasti keracunan amatoxin dengan cepat dan yakin daripada perlu menghapuskan secara klinikal penyakit gastrousus lain yang disyaki terlebih dahulu," tambahnya. "Kami juga berharap ia akan memberi pesakit peluang yang lebih baik untuk pulih, walaupun tiada rawatan khusus yang jelas berkesan sekarang."

Ujian ini juga boleh menjadi cara yang praktikal dan muktamad untuk pencari makan cendawan mengenal pasti dan mengelakkan makan cendawan dengan toksin amanitin jika rakan komersil boleh didapati untuk menghasilkan dan memasarkan kit ujian. Ujian ini adalah kaedah medan yang paling sensitif dan boleh dipercayai untuk mengenal pasti secara kimia cendawan yang mengandungi amanitin. Walaupun pakar cendawan boleh mengenal pasti cendawan maut hanya dengan melihat penampilannya, pakar tidak dapat melihat bahan kimia toksin yang bersembunyi di dalamnya.

Namun ujian ini hanya mengenal pasti kehadiran atau ketiadaan kelas toksin khusus ini ia tidak mengesan sebatian lain seperti halusinogen atau toksin yang menyebabkan gejala gastrousus atau neurologi yang lain. Jadi, ia tidak dapat menentukan sama ada cendawan boleh dimakan.

Memburu cendawan telah mendapat populariti dalam beberapa dekad yang lalu. Satu kumpulan pengenalan cendawan tunggal di Facebook, di antara banyak, mempunyai lebih daripada 166,000 ahli. Mencari cendawan popular di kebanyakan Eropah, Australia, Jepun, Korea, bahagian Timur Tengah, dan benua kecil India, serta di Kanada dan Amerika Syarikat. Membezakan spesies cendawan toksik daripada tidak toksik adalah berdasarkan pada mula-mula mengenal pasti cendawan dengan betul dan kemudian merujuk panduan lapangan cendawan untuk menentukan sama ada ia diketahui mengandungi toksin atau tidak. Tetapi cendawan dari spesies yang sama boleh berbeza dalam rupa, terutamanya pada peringkat kehidupan dan habitat yang berbeza, menjadikannya sangat sukar untuk dikenal pasti.

Banyak cendawan beracun hampir menyerupai cendawan liar yang boleh dimakan. Sebagai contoh, Amanita Musim Bunga (Amanita velosa) adalah cendawan liar yang boleh dimakan yang sangat diingini di pantai Pasifik Amerika Syarikat. Tetapi pada mata yang tidak terlatih, ia boleh kelihatan serupa dengan cendawan topi Death A. phalloides. Cap Kematian menyumbang lebih daripada 90 peratus kematian keracunan berkaitan kulat di Eropah.

"Ujian ini boleh memberikan lebih banyak maklumat tentang cendawan liar di luar penampilan fizikal dan ciri-ciri, dan mengesan sesuatu yang kita tidak dapat lihat-kehadiran amanitin," kata Bever. Jika produk mampu milik seperti ini tersedia, pencarian makanan boleh menjadi lebih popular dan mungkin lebih selamat.

Ujian baharu ialah ujian imun dan bergantung pada antibodi monoklonal reaktif yang sangat khusus—protein yang dihasilkan makmal yang mengesan dan mengikat hanya dengan sasaran tertentu. Para saintis dari University of California-Davis, Pusat Kecemasan Haiwan Kecemasan dan Khusus Marin dan Pusat Kawalan dan Pencegahan Penyakit turut menyumbang kepada projek ini.


Panduan untuk apa yang ada di sini

Ini adalah bahagian yang panjang dan anda mungkin tidak berminat dengan semua topik. Untuk membantu anda memutuskan sama ada terdapat sesuatu yang menarik minat anda, berikut ialah penerangan ringkas tentang sub-bahagian tersebut. Jika tidak ada yang lain - cuba Ciri makroskopik. Jika anda tidak melihat kulat dengan teliti, foto sahaja akan menunjukkan kepada anda pelbagai ciri yang boleh anda lihat dengan mata kasar atau dengan kaca pembesar.

  • Pengelasan lwn pengenalan
    Penjelasan tentang perbezaan antara pengelasan dan pengenalan.
  • Hierarki klasifikasi
    Garis besar ringkas hierarki pengelasan, dengan pautan kepada lebih terperinci.
  • Pengelasan dan pengenalan semula
    Mengapa tidak hanya ciri "jelas" digunakan dalam pengelasan dan pengenalpastian kulat?
  • Ciri makroskopik
    Pautan kepada penerangan dan ilustrasi banyak ciri mata kasar yang digunakan dalam kajian kulat. Jika tiada yang lain, ia mungkin membuatkan anda melihat kulat biasa dari perspektif baharu.
  • Struktur mikroskopik
    Pengenalan kepada beberapa ciri mikroskopik asas yang digunakan dalam kajian kulat.
  • Ciri bukan struktur
    Anda memerlukan lebih daripada ciri struktur makroskopik dan mikroskopik untuk pemahaman yang lebih mendalam tentang kulat. Berikut adalah beberapa kaedah lain yang boleh memberi penerangan tentang dunia kulat.
  • Hubungan yang ada dan tidak
    Hubungan tidak selalunya jelas. Berikut adalah beberapa contoh.
  • Pengelasan dan pengenalan - kata akhir
    Kajian kes ringkas yang membawa kita kembali ke tempat kita bermula.

Pengelasan lwn pengenalan

Sebelum pergi lebih jauh, adalah wajar untuk menunjukkan perbezaan antara pengelasan dan pengenalan.

Klasifikasi menjawab soalan jenis: Bagaimanakah kulat ini berkaitan dengan kulat lain?

Pengenalan menangani soalan yang lebih segera: Apakah nama spesimen di hadapan saya?

Untuk mengatakan bahawa dua organisma berkaitan adalah sama dengan mengatakan mereka mempunyai nenek moyang yang sama - mungkin pada masa lalu yang agak baru-baru ini atau mungkin pada masa lalu yang jauh. Bergantung pada sama ada nenek moyang yang sama itu hidup pada masa lampau baru-baru ini atau jauh, kita boleh bercakap tentang kedua-dua organisma sebagai berkait rapat atau jauh. Ini mencerminkan idea harian tentang hubungan manusia, kerana kami mengatakan bahawa dua orang berkait rapat jika mereka mempunyai ibu bapa yang sama tetapi bercakap tentang mereka sebagai saudara jauh jika datuk nenek adalah nenek moyang mereka yang paling baru.

Oleh itu, pengelasan berkaitan dengan sejarah evolusi dan skema pengelasan yang baik harus mengelompokkan organisma yang dekat secara evolusi berhampiran satu sama lain. Ini memerlukan pemahaman yang baik tentang pelbagai aspek struktur kulat (kedua-dua makroskopik dan mikroskopik) dan biologi kulat, kerana aspek yang berbeza menyediakan jenis bukti yang berbeza mengenai perhubungan. Untuk membangunkan klasifikasi yang kukuh, semua bukti mesti dinilai.

Pada dasarnya, pengelasan melibatkan penciptaan lubang merpati di mana kulat berkaitan akan diletakkan. Sebaik sahaja lubang merpati yang berbeza telah dicipta, setiap satu diberi nama yang unik untuk membolehkan komunikasi mudah antara ahli mikologi.

Meneruskan analogi lubang merpati, pengenalan adalah serupa dengan mengambil spesimen di hadapan anda dan meletakkannya di lubang merpati yang betul. Terdapat banyak panduan pengenalpastian kulat dan, walaupun ia berbeza dalam skop dan kandungan, prosedur pengenalpastian sebenar adalah sama dalam setiap panduan tersebut. Anda ditanya satu siri soalan tentang ciri-ciri spesimen anda, dengan setiap soalan berturut-turut mempersempit kemungkinan lubang merpati sedikit lagi sehingga anda hanya tinggal satu. Ia selalunya merupakan proses yang agak mekanikal dan kebanyakannya tidak memerlukan sebarang pemahaman tentang klasifikasi kulat. Iaitu, anda selalunya tidak perlu memahami bagaimana lubang merpati itu dicipta. Ia agak seperti memasak - jika anda mengikuti arahan dalam resipi, anda akan membakar sendiri kek yang lazat. Anda mesti boleh mengenali perkara seperti telur, tepung, susu dan yis tetapi anda tidak perlu mengetahui fungsi mana-mana bahan ini. Sudah tentu, tukang masak yang mahir tahu apa yang dilakukan oleh bahan-bahan tersebut dan kemudiannya boleh menggantikan bahan secara bijak atau mengubah resipi untuk tujuan tertentu. Begitu juga, pengetahuan tentang pengelasan kulat akan memberi anda pemahaman yang lebih baik tentang dunia kulat, membolehkan anda mengambil jalan pintas pintar dalam pengecaman dan membantu menjaga daripada salah faham.

Hierarki klasifikasi

Terdapat darjah keterkaitan yang berbeza dalam dunia kehidupan dan tahap keterkaitan yang berbeza-beza ini membawa kepada konsep hierarki tahap klasifikasi yang berbeza - kerajaan, pembahagian (atau filum), kelas, perintah, keluarga, genus, spesies. Urutan itu daripada luas kepada halus. Iaitu, kerajaan mengandungi beberapa bahagian, setiap bahagian mengandungi beberapa kelas, setiap kelas mengandungi beberapa pesanan dan seterusnya.

Jika anda tidak biasa dengan penggunaan teknikal mana-mana istilah di atas, terdapat pengenalan ringkas kepada konsep penting di sini HIERARKI KLASIFIKASI, NAMA SPESIES DAN BAHAGIAN PENGENALAN.

Nama spesies ialah gabungan unik dua perkataan Latin (atau pseudo-Latin). Gabungan itu dipanggil a binomial. Apabila foto di tapak web ini dilabelkan dengan nama spesies, nama tersebut (seperti Komune Schizophyllum dalam contoh ini) <<042>> ialah contoh binomial. Berbalik kepada analogi lubang merpati yang terdahulu, kita boleh katakan salah satu lubang merpati kami mempunyai label Komune Schizophyllum di atasnya.

Sekali lagi, jika anda tidak biasa dengan struktur nama saintifik, fakta asas dijelaskan di sini HIERARKI KLASIFIKASI, NAMA SPESIES DAN BAHAGIAN PENGENALAN >>. Pautan itu juga mengandungi beberapa contoh hierarki, dengan memberikan pelbagai peringkat untuk beberapa spesies kulat dan juga mengandungi beberapa maklumat mengenai topik berkaitan.

Semua kulat (makro) yang menjadi subjek laman web ini adalah milik satu kerajaan (dipanggil Eumycota) dan terdapat lebih banyak lagi kepada Eumycota daripada itu, tetapi Eumycota yang lain berada di luar skop tapak web ini.

Seperti yang dinyatakan dalam <> kulat (makro) itu boleh dibahagikan kepada dua kumpulan, bergantung kepada sama ada spora dihasilkan dalam asci atau basidia. Dalam hierarki pengelasan, kulat yang mempunyai asci membentuk Bahagian yang dipanggil Ascomycota dan mereka yang mempunyai basidia membentuk Bahagian yang dipanggil Basidiomycota. Kedua-dua nama teknikal ini jelas sangat serupa dengan perkataan Inggeris biasa ascomycete dan basidiomycete. Orang sering bercakap tentang ciri klasifikasi "tahap tinggi" atau "tahap rendah". Yang pertama digunakan dalam definisi kumpulan yang lebih tinggi seperti pembahagian dan kelas manakala yang kedua digunakan pada peringkat yang lebih rendah - contohnya, untuk menentukan genera dan spesies. Dalam istilah ini asci dan basidia adalah ciri klasifikasi tahap yang sangat tinggi.

Terdapat basidiomycetes mikrokulat dan ascomycetes, tetapi ia berada di luar skop laman web ini.

Walaupun kulat (makro) terkandung dalam dua bahagian kerajaan Eumycota, rangkaian penuh organisma (makro dan mikro) yang mungkin dipanggil "kulat" terdapat dalam tiga kerajaan. Penjelasan tentang ciri-ciri yang digunakan dalam pengelasan tahap tinggi semua "kulat" tersebut diberikan dalam <>.

Kini akan ada lencongan ringkas mengenai subjek pengelasan dan pengenalan. Selepas itu akan ada contoh jenis ciri yang digunakan dalam pengelasan atau pengenalan.

Pengelasan dan pengenalan semula


Omphalotus nidiformis (di atas) bercahaya dalam gelap

Omphalotus nidiformis (meninggalkan)

Banyak ciri atau teknik yang digunakan dalam pengelasan juga digunakan secara rutin dalam pengecaman spesimen dan selalunya perkara itu tidak dapat dielakkan. Sebagai contoh, kecerahan adalah salah satu ciri penentu genus Omphalotus, contoh yang ditunjukkan dalam foto yang disertakan. <<001, 002>> Ciri pengelasan yang mudah diperhatikan ini jelas merupakan ciri pengenalan yang sangat berguna juga.

Walau bagaimanapun, ciri klasifikasi tidak selalu diperlukan dalam kerja pengenalan sehari-hari. Sebagai contoh, analisis DNA kini digunakan secara meluas untuk penyiasatan hubungan antara organisma yang berbeza. Analisis DNA sering menjadi berita kerana penggunaannya sebagai alat forensik dalam penyiasatan jenayah. Akan ada sedikit lagi tentang analisis DNA nanti. Buat masa ini sudah cukup untuk mengetahui bahawa analisis DNA ialah alat pengelasan yang berkuasa tetapi ia memerlukan peralatan pakar dan tidak praktikal dalam banyak kerja pengecaman rutin. Jadi ahli mikologi sering menggunakan ciri yang lebih mudah diperhatikan untuk kebanyakan kerja pengenalan sehari-hari.

Jika teknik khusus adalah penting untuk mengklasifikasikan kulat, bagaimanakah anda boleh mengelak daripada menggunakannya untuk pengecaman? Perkara penting ialah, walaupun idea kita tentang cara kita mengklasifikasikan kulat akan berubah (yang kadangkala melibatkan pertukaran nama), kulat itu sendiri tidak akan berubah. Sesetengah kulat adalah sangat tersendiri, dan tanpa persamaan, sehingga anda sentiasa boleh mengenalinya dengan ciri tersendiri tersebut. Sudah tentu, nama spesies yang anda berikan mungkin berubah mengikut masa – tetapi ciri pengenalan yang anda cari kekal tidak berubah. Agak-agak kawan yang kahwin beberapa kali. Anda mungkin memerlukan sijil perkahwinan untuk membuktikan perubahan hubungan – tetapi cebisan kertas itu tidak relevan untuk pengenalan. Anda akan sentiasa mengenali rakan anda melalui penampilannya yang tersendiri.

Spesis Calostoma fuscum <<070>> boleh dikenal pasti dengan serta-merta berdasarkan ciri mata kasar. Walau bagaimanapun, hubungannya dengan kulat lain telah diperdebatkan untuk masa yang lama, sehingga beberapa kajian DNA yang agak baru-baru ini. Terdapat lebih banyak tentang perkara ini di bawah dalam HUBUNGAN YANG ADA DAN BUKAN

Orang kadang-kadang bertanya: Jika anda boleh mengenal pasti sesuatu menggunakan ciri yang mudah diperhatikan, mengapa tidak menggunakan ciri tersebut untuk pengelasan juga dan melupakan teknik "tidak praktikal" seperti analisis DNA? Hanya kerana pergantungan pada ciri yang mudah diperhatikan boleh membawa kepada kesimpulan yang salah tentang hubungan. Untuk mengambil contoh manusia yang remeh, anggaplah kita mempunyai dua saudara lelaki. Seorang menghabiskan sepanjang musim panas di dalam rumah (dan kekal berkulit cerah) manakala seorang lagi berada di pantai Australia yang cerah setiap hari (dan membentuk kulit sawo matang). Dengan hanya menggunakan ciri warna kulit yang mudah diperhatikan, makhluk asing yang melawat bumi pada penghujung musim panas boleh tersilap menyimpulkan bahawa adik-beradik itu tidak berkaitan. Sebaliknya, pemeriksaan yang lebih terperinci akan menunjukkan makhluk asing bahawa kedua-dua adik-beradik boleh menghasilkan pigmen kulit gelap dan bahawa warna kulit adalah ciri klasifikasi yang mengelirukan. Kulit yang lebih gelap pada seorang abang hanyalah tindak balas badannya terhadap persekitaran yang cerah.

Persamaan dalam DNA mencerminkan keakraban evolusi, oleh itu kegunaan analisis DNA. Sudah tentu, bentuk luaran organisma sangat bergantung kepada DNAnya tetapi, seperti yang ditunjukkan oleh contoh kulit yang disamak, beberapa aspek bentuk luaran mungkin tidak lebih daripada tindak balas kepada persekitaran sekeliling, dan bukannya ciri-ciri yang wujud pada organisma. Skim klasifikasi tidak seharusnya menggunakan ciri yang boleh diubah suai dengan mudah oleh persekitaran. Pengalaman telah menunjukkan bahawa beberapa ciri luaran, yang pernah sangat bergantung pada pengkelasan kulat, adalah mengelirukan seperti kulit yang disamak dalam contoh di atas.

Ngomong-ngomong, jangan fikir warna itu tidak penting dalam pengelasan (atau pengenalan) kulat. Selalunya ia adalah ciri penting - tetapi tidak selalu. Seperti dalam contoh dua beradik itu, adalah penting untuk mengetahui sebab di sebalik warna. Setiap gambar berikut menunjukkan spesies Flammulina velutipes. Di alam liar, cendawan ini mempunyai topi oren yang sedikit melekit. Bentuk putih muncul apabila ia ditanam dalam gelap, dalam suasana dengan paras karbon dioksida yang tinggi dan dengan kelompok cendawan yang sedang berkembang terpaksa tumbuh keluar melalui tiub panjang. Anda boleh melihat bentuk yang ditanam di banyak pasar raya atau kedai runcit Asia, di mana ia dijual di bawah nama enokitake.

DAPATKAN GAMBAR FLAMMULINA VELUTIPES

  • Ciri makroskopik
    Pautan kepada penerangan dan ilustrasi banyak ciri mata kasar yang digunakan dalam kajian kulat. Jika tidak ada yang lain, ia mungkin membuatkan anda melihat kulat biasa dari perspektif baharu.
  • Struktur mikroskopik
    Pengenalan kepada beberapa ciri mikroskopik asas yang digunakan dalam kajian kulat.
  • Ciri bukan struktur
    Anda memerlukan lebih daripada ciri struktur makroskopik dan mikroskopik untuk pemahaman yang lebih mendalam tentang kulat. Berikut adalah beberapa kaedah lain yang boleh memberi penerangan tentang dunia kulat.
  • Hubungan yang ada dan tidak
    Hubungan tidak selalunya jelas. Berikut adalah beberapa contoh.

Klasifikasi dan pengenalan - kata akhir

Bahagian ini telah memberi anda lawatan pantas beberapa alat pengelasan kulat dan menunjukkan beberapa hubungan bukan intuitif antara pelbagai kulat. Sepanjang tiga abad yang lalu klasifikasi kulat telah berubah, dengan ciri-ciri mikroskopik kini amat penting dan terdapat penerangan ringkas tentang masa beberapa penemuan mikroskopik asas dalam <>. Pelbagai aspek lain tingkah laku kulat memberikan maklumat tambahan. Setiap alat penyiasatan, sama ada bentuk badan berbuah, ciri spora, ujian mengawan atau analisis DNA menyediakan cara yang berbeza untuk melihat kulat. Untuk menghasilkan skema klasifikasi yang mantap, adalah perlu untuk mendekati kulat dengan alat yang berbeza ini dan menilai maklumat yang masing-masing menyediakan.

Kadangkala bukti daripada satu pendekatan mungkin bercanggah dengan bukti daripada pendekatan lain. Sebagai contoh, klasifikasi lama (bergantung pada "inkiness" sebagai ciri penting) meletakkan semua Inkcaps ke dalam genus Coprinus - tetapi analisis DNA mengatakan bahawa Inkcaps tidak semua tergolong dalam satu genus - malah, bukan juga dalam satu keluarga. Apa yang anda lakukan apabila anda mendapat bukti yang bercanggah? Jelas sekali, semak semula kaedah untuk melihat sama ada terdapat sebarang kesilapan. Jika tidak, anda boleh sama ada menerima satu banyak bukti sebagai lebih dipercayai daripada yang lain atau membiarkan isu itu tidak diselesaikan. Tidak semestinya hasil yang sangat menggembirakan, tetapi kadangkala perlu mengetepikan masalah dan menunggu perkembangan masa depan untuk menyelesaikan isu tersebut.

Dalam kes Coprinus, orang ramai membuat semula analisis DNA, menggunakan teknik yang lebih baik, dan masih membuat kesimpulan yang sama. Satu perkara yang perlu diberi perhatian ialah bukti DNA tidak mengejutkan sesetengah ahli mikologi, kerana terdapat perdebatan yang cukup besar (lebih seratus tahun) tentang hubungan yang betul antara Coprinus spesis. Keputusan DNA mendorong pemeriksaan semula struktur makroskopik dan mikroskopik dalam pelbagai Coprinus spesis.

Bukti DNA menunjukkan bahawa Coprinus comatus dan beberapa spesies lain membentuk kumpulan yang berkait rapat, jadi terdapat hujah yang baik untuk mengelompokkan spesies tersebut ke dalam genus mereka sendiri. Selain daripada bukti DNA, spesies dalam kumpulan ini berkongsi beberapa ciri mikroskopik dan makroskopik yang tidak terdapat pada yang lain Coprinus spesis. Satu ciri makroskopik sangat mudah dilihat. Batang daripada Coprinus comatus adalah seperti paip, bukannya pepejal, tetapi paip itu tidak kosong. Terdapat kord tipis, terdiri daripada sekumpulan hifa, yang membentang sepanjang pusat berongga dan tidak mempunyai tujuan yang diketahui. Foto ini menunjukkan spesimen kering Coprinus comatus, dengan potongan batang terbuka untuk menampakkan kord tengah yang tipis. Kord itu terdapat dalam spesies lain yang kumpulan bukti DNA bersama Coprinus comatus - tetapi kord itu tiada daripadanya Coprinus spesies yang tidak dikelompokkan dengan Coprinus comatus.

Adalah menarik untuk diperhatikan bahawa dalam lukisan Coprinus comatus, diterbitkan pada tahun 1781 dalam buku oleh naturalis Perancis Jean Baptiste Francois 'Pierre' Bulliard (1752-1793), kord ini menunjukkan dengan sangat jelas. Walau bagaimanapun, inkiness dianggap sebagai ciri penting dan oleh itu ia digunakan dalam definisi asal Coprinus. Jika (dan 'jika' mesti ditekankan) spesies dalam Coprinus comatus kumpulan diasingkan daripada yang lain Coprinus spesies dan dimasukkan ke dalam genus mereka sendiri, tali hifa itu akan menjadi ciri pengenalan yang sangat berguna dan mudah digunakan untuk genus baharu. Inkiness masih akan kekal sebagai ciri yang sangat berguna, tetapi ciri yang perlu ditambah. Walaupun inkiness tidak lagi membawa anda kepada hanya satu genus, ia akan membawa anda ke sekumpulan kecil genera, selepas itu anda akan menggunakan bukti tambahan (seperti kord hifa) untuk menentukan genus.

Pada masa ini, status spesies dalam Coprinus sedang dibahaskan dan lebih banyak kerja diperlukan sebelum perbahasan diselesaikan dan mana-mana genera baru dipersetujui.

Walau bagaimanapun Coprinus kerja menunjukkan bahawa setiap kali teknik khusus digunakan untuk membantu mengklasifikasikan kulat, adalah penting untuk memeriksa semula ciri-ciri lain untuk melihat sama ada terdapat apa-apa yang dikaitkan dengan hasil daripada teknik khusus itu. Itu mungkin tidak selalu berlaku tetapi, dalam contoh semasa, kord dalam batang berongga adalah ciri yang mudah diperhatikan yang dikaitkan dengan bukti genetik. Oleh itu kord itu sesuai untuk tujuan pengenalan, dengan anggapan Coprinus comatus kumpulan diletakkan dalam genusnya sendiri.

Ini membawa kita kembali ke tempat kita bermula. Ingat bahawa pengelasan dan pengenalan adalah dua perkara yang berbeza. Walaupun pengelasan mesti mengumpulkan banyak helai bukti yang berbeza (menggunakan pelbagai kaedah), untuk pengecaman kami menggunakan apa sahaja ciri yang memudahkan untuk menjawab soalan: "Apakah nama spesimen di hadapan saya?".


Kaedah

Aliran kerja dan pelaksanaan CCMetagen

CCMetagen ialah aliran kerja yang dilaksanakan dalam Python 3 (Python ≥ 3.6). Analisis memerlukan pangkalan data rujukan di mana pengepala jujukan mengandungi pengecam taksonomi (taxids). Pangkalan data rujukan sedia untuk digunakan (NCBI nt dan RefSeq) dan arahan untuk mencipta pangkalan data rujukan tersuai disediakan dalam laman web CCMetagen: https://github.com/vrmarcelino/CCMetagen [21]. Bacaan jujukan, contigs atau bacaan panjang mula-mula dipetakan ke pangkalan data rujukan dengan KMA [16], yang menerima format hujung tunggal atau hujung berpasangan, fastA, fastQ dan mampat (gzip). CCMetagen kemudiannya digunakan untuk memproses keputusan KMA melalui dua program utama: CCMetagen.py dan CCMetagen_merge.py. Perintah pertama mengambil keputusan KMA sebagai input dan melaksanakan kawalan kualiti tersuai di mana pengguna boleh menentukan keperluan minimum untuk menerima padanan dari segi kedalaman jujukan, liputan dan skor ConClave. Saluran paip akan mengesan dua (atau lebih) keturunan yang berkait rapat jika terdapat perbezaan SNP yang boleh dikesan antara penjajaran konsensus (antara jujukan pertanyaan dan templat). Sekiranya Rajah 1b (Langkah 1) merujuk kepada dua spesies yang berkait rapat dengan kelimpahan yang berbeza, saluran paip tidak akan mengesannya sebagai taksa yang berasingan, kerana tiada perbezaan yang dapat dikesan di antara mereka.

The CCMetagen.py program kemudian memproses maklumat taksonomi menggunakan kit alat ETE [55] dan mengeluarkan jadual taksonomi terperingkat—di mana nama takson untuk kerajaan besar, kerajaan, filum, kelas, perintah, keluarga, genus dan spesies dikaitkan apabila diketahui. Persamaan jujukan penjajaran konsensus antara jujukan pertanyaan dan templat dikira dengan KMA. CCMetagen.py menggunakan ambang persamaan jujukan untuk menentukan kedudukan taksonomi terendah yang boleh dikaitkan dengan yakin. Ambang lalai adalah berdasarkan analisis berskala besar bagi jujukan kulat [49, 50] dan boleh ditukar atau dilumpuhkan (supaya tiada penapisan persamaan dilakukan) menggunakan pilihan terbina dalam dalam CCMetagen.py. Program ini menyediakan pilihan untuk menukar unit kelimpahan kepada bacaan per juta (RPM) yang biasa digunakan, dan untuk menghasilkan graf interaktif yang menunjukkan kelimpahan relatif taksa menggunakan Krona [17]. Selepas memproses sampel individu dengan CCMetagen.py, the user can use CCMetagen_merge.py to produce a single spreadsheet containing the results of all samples in comma-separated values (CSV) format. This spreadsheet reassembles an operational taxonomic unit (OTU) table, helping to integrate the CCMetagen results with existing statistical software designed for microbiome analysis (e.g., PhyloSeq [19]). CCMetagen_merge.py provides the option to merge taxa at different taxon ranks and to include or exclude taxa. A step-by-step tutorial on the CCMetagen workflow is provided online (https://github.com/vrmarcelino/CCMetagen/tree/master/tutorial [48]), and a web server version of CCMetagen, which requires no command line knowledge from the user, is available at https://cge.cbs.dtu.dk/services/ccmetagen/ [23].

Test data sets

A fungal metagenome and a metatranscriptome were simulated in silico to assess the performance of CCMetagen and other classification pipelines in identifying the fungal members of a microbial community (Additional file 7). Simulations were based on complete fungal genomes obtained from the NCBI RefSeq collection [56]. The metagenome contained 30 fungal species and was simulated with Grinder [57] using parameters to mimic the insert size and sequencing errors of an Illumina library (-md poly4 3e-3 3.3e-8 -insert_dist 500 normal 50 -fq 1 -ql 30 10). Coverage was set to vary between 0.001× and 10× for different species. The simulated metagenome contained 6,767,167 PE reads (6,695,384 PE reads after quality control, see Additional file 3).

The metatranscriptome contained 15 fungal species and was simulated for a subsample of 4000 genes (CDSs) from each fungal genome. Transcripts were simulated with Polyester [58], using the Illumina5 error model and gene expression following a normal distribution of average 3× (20% of genes up- and 20% downregulated). The simulated fungal metatranscriptome contained 9,009,121 PE reads (9,008,363 PE reads after quality control, see Additional file 3).

Additionally, 10 bacterial metagenomes simulated by Segata et al. [32], and compiled in McIntyre et al. [33], were used to assess the performance of the different classifiers in identifying prokaryotic communities with various levels of complexity. Each metagenome contained between 25 and 100 bacterial species [33].

Reference databases

Reference databases were downloaded and indexed as described in Additional file 3. We used three reference databases: (i) “nt”—the NCBI nucleotide collection [20] (ii) “RefSeq-bf,” containing curated genomes of fungi (all assembly levels) and bacteria (only complete) in the NCBI Reference Sequence Database [56] and (iii) “RefSeq-f-partial,” which is a subset of RefSeq-bf, containing only part of the fungal species in our test data sets. The RefSeq-f-partial database was built to assess how the programs perform when reference databases are incomplete, for example, when dealing with species without reference genomes. Fifteen species were removed, resulting in a database that contained 15 of the 30 species in the fungal metagenome sample, and 7 of the 15 species in the metatranscriptome sample (species removed from this data set are listed in Additional file 8). The nt and RefSeq-bf databases indexed to function with KMA and CCMetagen are hosted in two sites, at https://doi.org/10.25910/5cc7cd40fca8e [59] (Australia) and http://www.cbs.dtu.dk/public/CGE/databases/CCMetagen/ [60] (Denmark).

Benchmarking

Details about the quality control and data analyses are described in Additional file 3. Metagenome classifications using Kraken2 v.2.0.6-beta, KrakenUniq v.0.5.6, and Centrifuge v.1.0.3-beta were performed using default values. The performance of the classifiers was assessed in terms of precision, recall, F1 score, and CPU time. Precision was calculated with the formula:


Rapid Species Identification of Cooked Poisonous Mushrooms by Using Real-Time PCR

Gbr. 1 . Electrophoretic analysis of extracted DNA. Samples were electrophoresed on 2.0% agarose gels and stained with ethidium bromide. Panels A, B, and C correspond to DNA purified from the fruiting bodies of O. japonicus, E. rhodopolius, dan T. ustale, masing-masing. In each panel, lanes and samples are lane 1, fresh lane 2, baked for 4 min lane 3, stir-fried for 2 min lane 4, tempura-style (deep-fried in tempura batter for 2 min) lanes 5 to 8, boiled for 30, 60, 120, or 180 min, respectively. The size markers are EcoRI/HindIII double digests of lambda DNA and 100-bp ladders. Gbr. 2 . Fluorescence intensity profile during real-time PCR with species-specific primer pairs using genomic DNAs from cooked and uncooked mushrooms as templates. (A) Amplified with OJSP-F/OJSP-R using genomic DNA of O. japonicus. (B) Amplified with ERSP-F/ERSP-R using genomic DNA of E. rhodopolius. (C) Amplified with CASP-F/CASP-R using genomic DNA of T. ustale. Blank, no genomic DNA Fresh, genomic DNA from fresh fruiting body Baked, baked for 4 min Stir-fried, stir-fried for 2 min Tempura, deep-fried in tempura batter for 2 min.

Mushroom Toxins

The vast majority of mushroom poisoning are not serious. Gastrointestinal symptoms shortly after ingestion of the mushroom are the most common symptoms. These may be quite severe and may cause great discomfort for a day or two, but they will usually pass on their own. In extreme cases, hospitalization may be necessary to combat dehydration. If symptoms occur within two hours following ingestion of the mushroom, it is a good sign because the most dangerous mushroom toxins rarely cause symptoms before six hours after ingestion.

Each of the major mushroom toxins is discussed individually below. Poisindex numbers are listed, followed by the usual symptoms and treatment, if known. Poisindex refers to the Poisindex system widely used by hospitals and poisoning centers. This classification may mean nothing to you but will be of help to a poisoning center or physician.

The usual symptoms are listed next, followed by treatment, if known. It is not within the scope of this publication to prescribe treatment. When treatments are known, they will be listed, but in all cases a medical doctor should be consulted. Many treatments are not available outside of a hospital, and self-treatment can be more dangerous than no treatment at all. Further details about the poisoning follow, as well as the identifying features of the mushrooms and other useful information. Finally, look-alikes are discussed. If you are collecting mushrooms for food, make certain that you have not collected a poisonous species that resembles the mushroom you want.


Mushroom lights up the night in Brazil: Researcher finds bioluminescent fungus not seen since 1840

In 1840, renowned English botanist George Gardner reported a strange sight from the streets of Vila de Natividade in Brazil: A group of boys playing with a glowing object that turned out to be a luminescent mushroom. They called it "flor-de-coco," and showed Gardner where it grew on decaying fronds at the base of a dwarf palm. Gardner sent the mushroom to the Kew Herbarium in England where it was described and named Agaricus gardneri in honor of its discoverer. The species was not seen again until 2009.

San Francisco State University researcher Dennis Desjardin and colleagues have now collected new specimens of this forgotten mushroom and reclassified it as, Neonothopanus gardneri. Findings are now online and scheduled to be published in the November/December print issue of Mycologia.

They hope that careful study of the Brazilian mushroom -- which shines brightly enough to read by--and its other bioluminescent cousins around the world will help answer the question of how and why some fungi glow.

Desjardin, a professor in ecology and evolution in the SF State Biology Department and his colleagues determined that the mushroom should be placed in the genus Neonothopanus after carefully examining the mushroom's anatomy, physiology and genetic pedigree. But capturing new specimens of the mushroom to examine was a difficult task, Desjardin said, requiring a different approach than most fungi hunting.

To catch the green glow of the bioluminescent mushroom, Desjardin and his long-time research partner in Brazil, Dr. Cassius Stevani, had to "go out on new moon nights and stumble around in the forest, running into trees," he recalled, wary of nearby poisonous snakes and prowling jaguars.

But he said advances such as digital cameras have made it easier to track down bioluminescent fungi. New cameras allow researchers to photograph mushrooms that they suspect might be bioluminescent in darkened rooms and analyze the photos for a glow (sometimes one that's not visible to the human eye) within a few minutes, compared to the 30 to 40 minutes required of regular film exposure.

Bioluminescence -- simply the ability of organisms to produce light on their own -- is a widespread phenomenon. Jellyfish and fireflies might be the most familiar bioluminescent creatures, but organisms from bacteria to fungi to insects and fish make their own glow through a variety of chemical processes.

Bioluminescent fungi have been well-known for centuries, from the bright orange and poisonous jack o' lantern mushrooms to the phenomenon known as "foxfire," where the nutrient-sipping threads of the honey mushroom give off a faint but eerie glow in rotten logs. Glowing fungi have captured the imagination of cultures around the world, Desjardin said. "People are mostly afraid of them, calling them 'ghost mushrooms.'"

But how does a fungus make its glow -- and why would it glow in the first place? It's a question that has fascinated Desjardin for some time.

Researchers believe that the fungi make light in the same way that a firefly does, through a chemical mix of a luciferin compound and a luciferase. Luciferase is an enzyme that aids the interaction among luciferin, oxygen and water to produce a new compound that emits light.

But scientists haven't yet identified the luciferin and luciferase in fungi. "They glow 24 hours a day, as long as water and oxygen are available," Desjardin explained. "But animals only produce this light in spurts. This tells us that the chemical that is acted upon by the enzyme in mushrooms has to be readily available and abundant."

The why behind the glow also remains mostly a mystery. In mushrooms where the spore-bearing part glows, some scientists think the light may help attract insects that can help disperse the spores to grow new mushrooms.

But in the case of foxfire, it's the threadlike mycelium, which seek out nutrients for the fungi, that do the glowing. Insects attracted to the mycelium might do more harm than good to the fungi if they ate the attractively lit structures.

"We have no idea yet why this happens," Desjardin admitted. "Maybe the mycelium is glowing to attract the enemy of these insects, and will eat them before they can eat the mycelium. But we don't have any data to support this."

Desjardin has collected and analyzed bioluminescent fungi from around the world, hoping to answer some of these questions. "We want to know how this happens, how it evolved, and if it evolved multiple times. Each one of these is a fascinating question that we are close to answering."


Tonton video: Petticoat Mottlegill Panaeolus papilionaceus (Februari 2023).