Maklumat

Apakah maksud chrUn dalam output daripada Bowtie yang dijalankan pada jujukan manusia?

Apakah maksud chrUn dalam output daripada Bowtie yang dijalankan pada jujukan manusia?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Setelah melakukan penjajaran menggunakan bowtie2 dan GRCh38 sebagai urutan rujukan, saya mendapat perlawanan yang tidak biasachrUn. Di sini sebahagian kecil daripada fail SAM:

@SQ SN: chr22 LN: 50818468 @SQ SN: chrX LN: 156040895 @SQ SN: chrY LN: 57227415 @SQ SN: chrM LN: 16569 @SQ SN: chrUn_KI270424v1 LN: 2140

Semua yang lainchrnilai jelas bagi saya (M menunjukkan DNA Mitokondria, sementara 22, Y dan X hanyalah nombor / nama kromosom biasa) tetapi saya tidak dapat mengetahui apachrUnbermaksud dan bagaimana dengan kod itu selepas_?


saya anggap chrUn_KI270424v1 merujuk kepada perancah atau jujukan yang belum diberikan kepada kromosom. Penetapan selepas Un (tidak diketahui atau tidak ditugaskan?) boleh merujuk kepada urutan tunggal atau perancah tertentu. Anda akan dapat menentukan ini dengan memeriksa urutan rujukan dan dokumentasinya.

(Andaian saya adalah berdasarkan jenis perkara yang ditemui dalam pelbagai versi Drosophila rujukan genom, yang biasa saya kenal. Jadi saya tidak dapat membantu anda dengan butiran genom manusia.)


Ini untuk urutan yang tidak ditugaskan. Lihat rujukan ini dari Soalan Lazim Penyemak Imbas Genom UCSC: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download11