Maklumat

Apakah sebab-sebab yang membuat pengesanan intron tidak pasti?

Apakah sebab-sebab yang membuat pengesanan intron tidak pasti?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Pengesanan jujukan intron/ekson nampaknya melibatkan ramalan statistik yang paling boleh memberikan tekaan (sehingga disahkan secara eksperimen) di mana tapak sambatan itu.

Apakah sebab mengapa tidak ada urutan deterministik (dan bukannya konsensus) yang menandakan lokasi penyambungan lokasi?

Cuba saya jawab sendiri, saya rasa yang jelas dapat saya lihat ialah struktur kromatin, yang berinteraksi dengan bagaimana RNA polimerase membaca helai DNA. Sekiranya ini berlaku, bukankah cara semasa menggambarkan DNA sebagai urutan pasangan asas AGCT pada dasarnya cacat? Sekiranya struktur kromatin sebenarnya merupakan sebahagian dari deskripsi fungsional DNA, maka adakah usaha yang dilakukan untuk menggambarkan ini?


Tikus Dengan Pemadaman dalam Intron Pertama Kol1a1 Gen Membangunkan Pembedahan dan Pecah Aorta Bergantung kepada Umur

Daripada Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Gunaan dan Perubatan Kardiovaskular Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), Universiti Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH adalah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Daripada Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Gunaan dan Perubatan Kardiovaskular Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), Universiti Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH adalah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Dari Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Perubatan Kardiovaskular Gunaan dan Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), University of Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH ialah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Dari Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Perubatan Kardiovaskular Gunaan dan Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), University of Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH ialah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Daripada Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Gunaan dan Perubatan Kardiovaskular Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), Universiti Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH adalah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Dari Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Perubatan Kardiovaskular Gunaan dan Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), University of Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH ialah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Daripada Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Gunaan dan Perubatan Kardiovaskular Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), Universiti Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH ialah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Dari Jabatan Biokimia Perubatan dan Biologi Molekul (OR, IK, EV, RP), Pusat Penyelidikan Perubatan Kardiovaskular Gunaan dan Pencegahan (OR), dan Jabatan Pembedahan (HH), University of Turku, Finland, Kumpulan CIHR dalam Matriks Dynamics (MS), University of Toronto, Kanada, dan Jabatan Biokimia dan Perubatan (SH, PB), University of Washington, Seattle, Wash. Alamat sekarang untuk SGH adalah Hospital Universiti Neurologi, Heidelberg, Jerman.

Anda sedang melihat versi terbaharu artikel ini. Versi sebelumnya:


Dua hipotesis saingan: Intron Awal lwn. Lewat Intron

Kepelbagaian protein timbul secara analogi untuk pengacakan ekson dalam penghasilan kepelbagaian antibodi (lihat buku teks biokimia atau genetik anda mengenai pematangan sistem imun).

  • Intron memisahkan domain struktur. Contoh plot Go ada di sini (dari sini, pengarang ini menerangkan lebihan intron yang ketara dalam kawasan pemaut yang ditakrifkan melalui pertindihan dia dalam plot Go).
  • Dalam Triose Phosphate Isomerase intron didapati dalam kedudukan yang disarankan oleh Go-plot (di sini). , . Walaupun ketara, lebihannya agak kecil: 216 daripada 570, 36 lebih daripada yang dijangkakan di bawah taburan rawak). Walau bagaimanapun, kelebihannya lebih besar, jika hanya dipertimbangkan protein multidomain, menunjukkan bahawa ini benar-benar berkembang melalui penggabungan ekson (lihat di sini untuk analisis baru-baru ini).

Intron A - Farmakologi Klinikal

Am

Interferon adalah sekelompok protein kecil dan glikoprotein yang terdapat secara semula jadi dengan berat molekul sekitar 15,000 hingga 27,600 dalton yang dihasilkan dan dirembeskan oleh sel sebagai tindak balas kepada jangkitan virus dan kepada pemicu sintetik atau biologi.

Farmakologi Praklinikal

Interferon melakukan aktiviti sel dengan mengikat reseptor membran tertentu pada permukaan sel. Setelah terikat pada membran sel, interferon memulakan urutan kompleks kejadian intraselular. Kajian in vitro menunjukkan bahawa ini termasuk induksi enzim tertentu, penindasan percambahan sel, aktiviti imunomodulasi seperti peningkatan aktiviti fagosit makrofag dan peningkatan sitotoksisitas limfosit spesifik untuk sel sasaran, dan penghambatan replikasi virus pada virus yang dijangkiti virus sel.

Dalam kajian yang menggunakan barisan sel hepatoblastoma manusia HB 611, aktiviti antivirus in vitro interferon alfa ditunjukkan oleh penghambatan replikasi virus hepatitis B (HBV).

Hubungan antara data in vitro ini dan keputusan klinikal tidak diketahui. Mana-mana aktiviti ini mungkin menyumbang kepada kesan terapeutik interferon.

Farmakokinetik INTRON & reg A dikaji pada 12 sukarelawan lelaki yang sihat berikutan dos tunggal 5 juta IU / m 2 diberikan secara intramuskular, subkutan, dan sebagai infus intravena 30 minit dalam reka bentuk crossover.

Purata kepekatan Intron A serum berikutan suntikan intramuskular dan subkutan adalah setanding. Kepekatan serum maksimum yang diperoleh melalui laluan ini adalah sekitar 18 hingga 116 IU / mL dan berlaku 3 hingga 12 jam selepas pentadbiran. Waktu paruh penghapusan Intron A berikutan suntikan intramuskular dan subkutan sekitar 2 hingga 3 jam. Kepekatan serum tidak dapat dikesan 16 jam selepas suntikan.

Selepas pemberian intravena, kepekatan serum Intron A mencapai puncak (135-273 IU / mL) pada akhir infus 30 minit, kemudian menurun pada kadar yang sedikit lebih cepat daripada selepas pemberian ubat intramuskular atau subkutan, menjadi tidak dapat dikesan 4 jam selepas infusi . Separuh hayat penyingkiran adalah lebih kurang 2 jam.

Kepekatan Intron A urin selepas satu dos (5 juta IU/m 2 ) tidak dapat dikesan selepas mana-mana laluan pentadbiran parenteral. Hasil ini diharapkan kerana kajian awal dengan ginjal arnab yang diasingkan dan disuntik telah menunjukkan bahawa buah pinggang mungkin merupakan lokasi utama katabolisme interferon.

Tidak ada data farmakokinetik yang tersedia untuk laluan pentadbiran intralesi.

Antibodi Meneutralkan Serum

Pada pesakit yang dirawat Intron A yang diuji aktiviti antibodi dalam ujian klinikal, antibodi peneutralan serum anti-interferon dikesan pada 0% (0/90) pesakit dengan leukemia sel berbulu, 0.8% (2/260) pesakit dirawat secara intralesion untuk kondilomata acuminata, dan 4% (1/24) pesakit dengan Sarcoma Kaposi Berkaitan AIDS. Antibodi peneutralan serum telah dikesan pada kurang dari 3% pesakit yang dirawat dengan dos Intron A yang lebih tinggi pada keganasan selain leukemia sel berbulu atau Sarcoma Kaposi yang Berkaitan dengan AIDS. Kepentingan klinikal penampilan aktiviti peneutralan anti-interferon serum dalam petunjuk ini tidak diketahui.

Antibodi peneutralan serum anti-interferon dikesan pada 7% (12/168) pesakit sama ada semasa rawatan atau setelah menyelesaikan 12 hingga 48 minggu rawatan dengan 3 juta IU TIW terapi Intron A untuk hepatitis C kronik dan pada 13% (6 / 48) pesakit yang menerima terapi Intron A untuk hepatitis B kronik pada 5 juta IU QD selama 4 bulan, dan dalam 3% (1/33) pesakit yang dirawat pada 10 juta IU TIW. Antibodi peneutralan serum anti-interferon dikesan pada 9% (5/53) pesakit pediatrik yang menerima terapi Intron A untuk hepatitis B kronik pada 6 juta IU / m 2 TIW. Di antara semua pesakit hepatitis B atau C kronik, pediatrik dan orang dewasa dengan antibodi peneutral serum yang boleh dikesan, titer yang dikesan adalah rendah (22/24 dengan titer kurang daripada atau sama dengan 1:40 dan 2/24 dengan titer kurang daripada atau sama dengan 1: 160). Penampilan aktiviti peneutralan anti-interferon serum nampaknya tidak mempengaruhi keselamatan atau keberkesanan.

Leukemia Sel Berbulu

Dalam ujian klinikal pada pesakit dengan leukemia sel berbulu, terdapat kemurungan hematopoiesis selama 1 hingga 2 bulan pertama rawatan Intron A, mengakibatkan jumlah sel darah merah dan putih yang beredar berkurang, dan platelet. Selepas itu, kedua-dua pesakit yang mengalami splenectomized dan nonplenectomized mencapai peningkatan yang besar dan berterusan dalam kadar granulosit, platelet, dan hemoglobin pada 75% pesakit yang dirawat dan sekurang-kurangnya beberapa peningkatan (tindak balas kecil) berlaku pada 90%. Rawatan Intron A mengakibatkan pengurangan hiperselulariti sumsum tulang dan penyusupan sel berbulu. Indeks sel berbulu (HCI), yang mewakili peratus keselularan sumsum tulang kali peratus penyusupan sel berbulu, adalah lebih besar daripada atau sama dengan 50% pada permulaan kajian dalam 87% pesakit. Peratusan pesakit dengan HCI sedemikian menurun kepada 25% selepas 6 bulan dan kepada 14% selepas 1 tahun. Keputusan ini menunjukkan bahawa walaupun peningkatan hematologi telah berlaku lebih awal, rawatan Intron A yang berpanjangan mungkin diperlukan untuk mendapatkan pengurangan maksimum dalam penyusupan sel tumor dalam sumsum tulang.

Peratusan pesakit dengan leukemia sel berbulu yang memerlukan pemindahan sel darah merah atau trombosit menurun dengan ketara semasa rawatan dan peratusan pesakit dengan jangkitan yang disahkan dan serius menurun ketika jumlah granulosit bertambah baik. Pembalikan splenomegali dan hipersplenisme yang signifikan secara klinikal ditunjukkan pada beberapa pesakit.

Satu kajian dilakukan untuk menilai kesan rawatan Intron A yang berlanjutan terhadap jangka masa tindak balas bagi pesakit yang merespon terapi awal. Dalam kajian ini, 126 pesakit yang merespon secara rawak menerima rawatan Intron A tambahan selama 6 bulan atau pemerhatian untuk tempoh yang setanding, setelah 12 bulan terapi Intron A awal. Dalam tempoh 6 bulan ini, 3% (2/66) pesakit yang dirawat Intron A berulang berbanding 18% (11/60) yang tidak dirawat. Ini menunjukkan perbezaan masa yang ketara untuk kembalinya untuk meneruskan rawatan Intron A (P = 0.006 / 0.01, Log Rank / Wilcoxon). Oleh kerana sebahagian kecil dari jumlah populasi telah kambuh, waktu rata-rata untuk kambuh tidak dapat diperkirakan dalam kedua-dua kumpulan. Pola serupa dalam kambuh dilihat ketika semua rawatan secara rawak, termasuk yang melebihi 6 bulan, dan data susulan yang tersedia dinilai. 15% (10/66) berulang dalam kalangan pesakit Intron A berlaku dalam tempoh masa yang jauh lebih lama daripada 40% (24/60) dengan pemerhatian ( P =0.0002/0.0001, Log Rank/Wilcoxon). Masa median untuk kambuh dianggarkan, menggunakan kaedah Kaplan-Meier, adalah 6,8 bulan dalam kumpulan pemerhatian tetapi tidak dapat dianggarkan dalam kumpulan Intron A.

Susulan selanjutnya dengan jangka masa rata-rata sekitar 40 bulan menunjukkan keseluruhan kelangsungan hidup 87.8%. Dalam kumpulan kawalan sejarah yang setanding diikuti selama 24 bulan, kemandirian median keseluruhan adalah kira-kira 40%.

Melanoma malignan

Keselamatan dan keberkesanan Intron A dinilai sebagai tambahan untuk rawatan pembedahan pada pesakit dengan melanoma yang bebas dari penyakit (pasca operasi) tetapi berisiko tinggi untuk berulang sistemik. Ini termasuk pesakit dengan lesi ketebalan Breslow lebih besar daripada 4 mm, atau pesakit dengan lesi ketebalan Breslow dengan keterlibatan nod primer atau berulang. Dalam percubaan secara rawak dan terkawal pada 280 pesakit, 143 pesakit menerima terapi Intron A pada 20 juta IU / m 2 secara intravena lima kali seminggu selama 4 minggu (fasa induksi) diikuti oleh 10 juta IU / m 2 subkutan tiga kali seminggu selama 48 minggu (fasa penyelenggaraan). Dalam ujian klinikal, dos harian Intron A yang rata-rata diberikan kepada pesakit adalah 19.1 juta IU / m 2 selama fasa induksi dan 9.1 juta IU / m 2 selama fasa pemeliharaan. Terapi Intron A dimulakan kurang dari atau sama dengan 56 hari setelah pembedahan dilakukan. Baki 137 pesakit telah diperhatikan.

Terapi Intron A menghasilkan peningkatan yang signifikan dalam kelangsungan hidup bebas dan keseluruhan. Masa median untuk berulang bagi pesakit yang dirawat Intron A berbanding pesakit pemerhatian adalah 1.72 tahun berbanding 0.98 tahun (P & l0.01, Peringkat Log berstrata). Anggaran kadar kelangsungan hidup tanpa berulang selama 5 tahun, menggunakan kaedah Kaplan-Meier, adalah 37% untuk pesakit yang dirawat Intron A berbanding 26% untuk pesakit pemerhatian. Masa survival keseluruhan median bagi pesakit yang dirawat Intron A berbanding pesakit pemerhatian adalah 3.82 tahun berbanding 2.78 tahun (P = 0.047, Peringkat Log berstrata). Anggaran kadar kelangsungan hidup keseluruhan 5 tahun, menggunakan kaedah Kaplan-Meier, adalah 46% untuk pesakit yang dirawat Intron A berbanding 37% untuk pesakit pemerhatian.

Dalam kajian kedua terhadap 642 pesakit melanoma berisiko tinggi yang dilindungi, subjek diacak sama dengan salah satu daripada tiga kumpulan: terapi Intron A dosis tinggi selama 1 tahun (jadual yang sama seperti di atas), terapi Intron A dosis rendah selama 2 tahun (3 MU / d TIW SC), dan pemerhatian. Selaras dengan percubaan terdahulu, terapi Intron A dos tinggi menunjukkan peningkatan dalam kelangsungan hidup tanpa berulang (anggaran RFS 3 tahun 48% berbanding 41% RFS median 2.4 berbanding 1.6 tahun, P =tidak ketara). Kelangsungan hidup tanpa kekambuhan pada lengan Intron A dosis rendah serupa dengan yang dilihat pada lengan pemerhatian. Terapi Intron A dosis tinggi atau dosis rendah menunjukkan manfaat dalam kelangsungan hidup keseluruhan berbanding dengan pemerhatian dalam kajian ini.

Limfoma folikular

Keselamatan dan keberkesanan Intron A bersama dengan CHVP, rejimen kemoterapi gabungan, dinilai sebagai rawatan awal pada pesakit dengan tekanan tumor yang besar secara agresif, Limfoma Non-Hodgkin's Tahap III / IV. Beban tumor yang besar ditakrifkan oleh kehadiran mana-mana satu daripada yang berikut: jisim tumor nod atau ekstranodal dengan diameter lebih daripada 7 cm penglibatan sekurang-kurangnya tiga tapak nod (masing-masing dengan diameter lebih daripada 3 cm) gejala sistemik splenomegali efusi serous, penglibatan orbital atau epidural mampatan ureter atau leukemia.

Dalam percubaan terkawal rawak, 130 pesakit menerima terapi CHVP dan 135 pesakit menerima terapi CHVP ditambah terapi Intron A pada 5 juta IU subkutaneus tiga kali seminggu untuk tempoh 18 bulan. Kemoterapi CHVP terdiri daripada siklofosfamid 600 mg / m 2, doxorubicin 25 mg / m 2, dan teniposide (VM-26) 60 mg / m 2, diberikan secara intravena pada Hari 1 dan prednison pada dos harian 40 mg / m 2 diberikan secara oral pada Hari 1 hingga 5. Rawatan terdiri daripada enam kitaran CHVP yang diberikan setiap bulan, diikuti dengan enam kitaran tambahan yang diberikan setiap 2 bulan selama 1 tahun. Pesakit di kedua-dua kumpulan rawatan menerima sebanyak 12 kitaran CHVP selama 18 bulan.

Kumpulan yang menerima gabungan terapi Intron A ditambah CHVP mempunyai kelangsungan hidup bebas kemajuan yang jauh lebih lama (2,9 tahun berbanding 1,5 tahun, P = 0,0001, ujian Log Rank). Selepas susulan median selama 6.1 tahun, kemandirian median untuk pesakit yang dirawat dengan CHVP sahaja adalah 5.5 tahun manakala kemandirian median untuk pesakit yang dirawat dengan terapi CHVP ditambah Intron A belum dicapai ( P = 0.004, ujian Peringkat Log). Dalam tiga kajian tambahan yang diterbitkan, secara rawak dan terkawal mengenai penambahan interferon alpha ke rejimen kemoterapi kombinasi yang mengandungi anthracycline, 1-3 penambahan interferon alpha dikaitkan dengan kelangsungan hidup bebas perkembangan yang berpanjangan. Perbezaan dalam kelangsungan hidup keseluruhan tidak diperhatikan secara konsisten.

Condylomata Acuminata

Condylomata acuminata (kutil kelamin atau kelamin) dikaitkan dengan jangkitan virus papilloma manusia (HPV). Keselamatan dan keberkesanan Intron A dalam rawatan condylomata acuminata dinilai dalam tiga ujian klinikal double-blind terkawal. Dalam kajian ini, dosis Intron A sebanyak 1 juta IU setiap lesi diberikan secara intralesion tiga kali seminggu (TIW), dalam jumlah kurang dari atau sama dengan 5 lesi setiap pesakit selama 3 minggu. Pesakit diperhatikan sehingga 16 minggu setelah selesai menjalani rawatan sepenuhnya.

Intron Rawatan kondilomata adalah jauh lebih berkesan daripada plasebo, seperti yang diukur dengan kehilangan lesi, pengurangan saiz lesi, dan oleh perubahan keseluruhan dalam status penyakit. Dari 192 pesakit yang dirawat Intron A dan 206 pesakit yang dirawat dengan plasebo yang dinilai keberkesanannya pada masa tindak balas terbaik semasa kajian, 42% pesakit Intron A berbanding 17% pesakit plasebo mengalami pembersihan semua lesi yang dirawat. Begitu juga, 24% pesakit Intron A berbanding 8% pesakit plasebo mengalami penurunan ukuran lesi yang ketara (75% hingga kurang dari 100%), 18% berbanding 9% mengalami pengurangan saiz lesi yang sederhana (50% hingga 75%), 10 % berbanding 42% mengalami penurunan ukuran lesi yang sedikit (kurang dari 50%), 5% berbanding 24% tidak mengalami perubahan pada ukuran lesi, dan 0% berbanding 1% mengalami eksaserbasi (P & l0.001).

Dalam salah satu kajian ini, 43% (54/125) pesakit di mana beberapa lesi (kurang dari atau sama dengan 3) lesi dirawat mengalami pembersihan lengkap dari semua lesi yang dirawat selama kajian. Daripada pesakit ini, 81% tetap dibersihkan 16 minggu setelah rawatan dimulakan.

Pesakit yang tidak mencapai penghapusan keseluruhan dari semua lesi yang dirawat mempunyai lesi yang sama dirawat dengan terapi kedua. Semasa rawatan kedua ini, 38% hingga 67% pesakit telah membersihkan semua lesi yang dirawat. Peratusan keseluruhan pesakit yang telah membersihkan semua lesi yang dirawat selepas dua kursus rawatan adalah antara 57% hingga 85%.

Lesi yang dirawat Intron A menunjukkan peningkatan dalam 2 hingga 4 minggu setelah permulaan rawatan dalam kajian di atas tindak balas maksimum terhadap terapi Intron A dicatat 4 hingga 8 minggu setelah permulaan rawatan.

Tindak balas terhadap terapi Intron A adalah lebih baik pada pesakit yang mempunyai kondilomata untuk tempoh yang lebih pendek daripada pesakit dengan lesi untuk tempoh yang lebih lama.

Kajian lain melibatkan 97 pesakit di mana tiga lesi dirawat dengan suntikan intralesi sebanyak 1.5 juta IU Intron A per luka diikuti dengan aplikasi topikal podophyllin 25%, atau aplikasi topikal podophyllin 25% sahaja. Rawatan diberikan seminggu sekali selama 3 minggu. Rawatan gabungan Intron A dan podophyllin terbukti jauh lebih berkesan daripada podophyllin sahaja, seperti yang ditentukan oleh jumlah pesakit yang lesi mereka hilang. Perbezaan ketara dalam tindak balas ini terbukti selepas rawatan kedua (Minggu 3) dan berterusan sehingga 8 minggu selepas rawatan. Pada masa tindak balas terbaik pesakit, 67% (33/49) daripada pesakit yang dirawat Intron A dan podophyllin mempunyai ketiga-tiga lesi yang dirawat dengan jelas manakala 42% (20/48) daripada pesakit yang dirawat podophyllin mempunyai ketiga-tiga lesi yang jelas. (P = 0.003).

Sarcoma Kaposi Berkaitan AIDS

Keselamatan dan keberkesanan Intron A dalam rawatan Kaposi's Sarcoma (KS), manifestasi umum dari Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS), dinilai dalam percobaan klinikal pada 144 pesakit.

Dalam satu kajian, dos Intron A sebanyak 30 juta IU / m 2 diberikan secara subkutan tiga kali seminggu (TIW) kepada pesakit dengan KS yang Berkaitan AIDS. Dos telah diselaraskan untuk toleransi pesakit. Purata dos mingguan yang dihantar dalam 4 minggu pertama ialah 150 juta IU pada akhir 12 minggu ini purata 110 juta IU/minggu dan pada 24 minggu purata 75 juta IU/minggu.

Empat puluh empat peratus pesakit tanpa gejala memberi tindak balas berbanding 7% pesakit tanpa gejala. Masa median untuk tindak balas adalah kira-kira 2 bulan dan 1 bulan, masing-masing, untuk pesakit tanpa gejala dan gejala. Tempoh median tindak balas adalah kira-kira 3 bulan dan 1 bulan, masing-masing, untuk pesakit tanpa gejala dan simptom. Nisbah garis dasar T4 / T8 adalah 0.46 untuk responden berbanding 0.33 untuk bukan responden.

Dalam kajian lain, dos Intron A sebanyak 35 juta IU diberikan secara subkutan, setiap hari (QD), selama 12 minggu. Rawatan penyelenggaraan, dengan pemberian dos setiap hari (QOD), dilanjutkan sehingga 1 tahun pada pesakit yang mencapai tindak balas antitumor dan antivirus. Masa median untuk tindak balas adalah 2 bulan dan jangka masa tindak balas rata-rata adalah 5 bulan pada pesakit tanpa gejala.

Dalam semua kajian, kemungkinan tindak balas adalah paling besar pada pesakit dengan sistem imun yang agak utuh seperti yang dinilai oleh kiraan CD4 asas (boleh ditukar ganti dengan kiraan T4). Keputusan pada dos 30 juta IU/m 2 TIW dan 35 juta IU/QD adalah serupa secara subkutan dan disediakan bersama dalam JADUAL 1. Jadual ini menunjukkan hubungan tindak balas terhadap kiraan CD4 asas dalam kedua-dua pesakit tanpa gejala dan simptomatik dalam 30 juta IU /m 2 TIW dan kumpulan rawatan 35 juta IU/QD.

Dalam 30 juta kumpulan kajian IU, 7% (5/72) pesakit adalah responden lengkap dan 22% (16/72) pesakit adalah responden separa. Kajian 35 juta IU mempunyai 13% (3/23 pesakit) responden lengkap dan 17% (4/23) responden separa.

Bagi pesakit yang menerima 30 juta IU TIW, masa bertahan rata-rata lebih lama pada pesakit dengan CD4 lebih besar daripada 200 (30,7 bulan) daripada pada pesakit dengan CD4 kurang dari atau sama dengan 200 (8,9 bulan). Di kalangan responden, masa hidup median ialah 22.6 bulan berbanding 9.7 bulan pada bukan responden.

Hepatitis C kronik

Keselamatan dan keberkesanan Intron A dalam rawatan hepatitis C kronik dinilai dalam 5 kajian klinikal secara rawak di mana dos Intron A sebanyak 3 juta IU tiga kali seminggu (TIW) dinilai. Tiga kajian awal adalah ujian terkawal plasebo yang menilai terapi selama 6 bulan (24 minggu). Dalam masing-masing tiga kajian, terapi Intron A menghasilkan pengurangan serum alanine aminotransferase (ALT) pada bahagian pesakit yang lebih besar berbanding pesakit kawalan pada akhir 6 bulan dos. Selama 6 bulan tindak lanjut, kira-kira 50% pesakit yang memberi respons mengekalkan tindak balas ALT mereka. Analisis gabungan yang membandingkan biopsi hati pra-perlakuan dan pasca-rawatan menunjukkan peningkatan histologi pada bahagian pesakit Intron A yang lebih tinggi secara statistik berbanding dengan kawalan.

Dua kajian tambahan telah meneliti jangka masa rawatan yang lebih lama (sehingga 24 bulan). 5,6 Pesakit dalam dua kajian untuk menilai jangka masa rawatan yang lebih lama mempunyai hepatitis dengan atau tanpa sirosis jika tidak ada penyakit hati yang mengalami dekompensasi. Tindak balas lengkap terhadap rawatan ditakrifkan sebagai normalisasi dua tahap akhir ALT serum semasa tempoh rawatan. Tindak balas yang berterusan ditakrifkan sebagai tindak balas lengkap pada penghujung tempoh rawatan, dengan nilai ALT normal yang berkekalan sekurang-kurangnya 6 bulan selepas pemberhentian terapi.

Dalam Kajian 1, semua pesakit pada awalnya dirawat dengan Intron A 3 juta IU TIW secara subkutan selama 24 minggu (jangka masa). Pesakit yang menyelesaikan tempoh rawatan awal 24 minggu kemudiannya secara rawak ditugaskan untuk tidak menerima rawatan lanjut, atau menerima 3 juta IU TIW untuk tambahan 48 minggu. Dalam Kajian 2, pesakit yang memenuhi kriteria kemasukan secara rawak ditugaskan untuk menerima Intron A 3 juta IU TIW secara subkutan selama 24 minggu atau untuk menerima Intron A 3 juta IU TIW secara subkutan selama 96 minggu. Dalam kedua-dua kajian, susulan pesakit adalah berubah-ubah dan beberapa pengumpulan data adalah retrospektif.

Hasil menunjukkan bahawa jangka masa terapi Intron A yang lebih lama meningkatkan kadar tindak balas yang berterusan (lihat JADUAL 2). Pada pesakit dengan tindak balas lengkap (CR) terhadap terapi Intron A setelah 6 bulan rawatan (149/352 [42%]), tindak balas kurang kerap dipertahankan jika ubat dihentikan (21/70 [30%]) daripada jika ia dilanjutkan selama 18 hingga 24 bulan (44/79 [56%). Daripada semua pesakit rawak, kadar tindak balas yang berterusan dalam pesakit yang menerima terapi selama 18 atau 24 bulan adalah 22% dan 26%, masing-masing, dalam dua ujian. Pada pesakit yang tidak mengalami CR selama 6 bulan, terapi tambahan tidak menghasilkan lebih banyak tindak balas, kerana hampir semua pesakit yang merespon terapi melakukannya dalam 16 minggu pertama rawatan.

Subset (kurang dari 50%) pesakit dari kajian dos yang diperpanjang gabungan melakukan biopsi hati sebelum dan selepas rawatan Intron A. Peningkatan aktiviti nekroinflamasi seperti yang dinilai secara retrospektif oleh Knodell (Kajian 1) dan Scheuer (Kajian 2) Indeks Aktiviti Histologi diperhatikan dalam kedua-dua kajian. Bilangan pesakit yang lebih tinggi (58%, 45/78) bertambah baik dengan terapi lanjutan berbanding dengan terapi yang lebih pendek (6 bulan) (38%, 34/89) dalam subset ini.

Rawatan gabungan dengan Intron A dan REBETOL ® (ribavirin USP) memberikan pengurangan ketara dalam beban virologi dan tindak balas histologi yang lebih baik pada pesakit dewasa dengan penyakit hati pampasan yang menjalani rawatan-naïve atau telah berulang selepas terapi dengan alpha interferon sahaja pesakit kanak-kanak yang sebelum ini tidak dirawat dengan alpha interferon mengalami tindak balas virologi yang berterusan. Lihat maklumat penetapan REBETOL untuk maklumat tambahan.

Hepatitis Kronik B

Keselamatan dan keberkesanan Intron A dalam rawatan hepatitis B kronik dinilai dalam tiga ujian klinikal di mana Intron A dos 30 hingga 35 juta IU seminggu diberikan secara subkutan (SC), sama ada 5 juta IU setiap hari (QD), atau 10 juta IU tiga kali seminggu (TIW) selama 16 minggu berbanding tanpa rawatan. Semua pesakit berumur 18 tahun atau lebih tua dengan penyakit hati yang dikompensasi, dan mempunyai jangkitan virus hepatitis B kronik (HBV) (serum HBsAg positif sekurang-kurangnya 6 bulan) dan replikasi HBV (serum HBeAg positif). Pesakit juga positif HBV-DNA serum, petunjuk tambahan replikasi HBV, seperti yang diukur dengan ujian penyelidikan. 7,8 Semua pesakit mempunyai serum alanine aminotransferase (ALT) dan penemuan biopsi hati yang serasi dengan diagnosis hepatitis kronik. Pesakit dengan kehadiran antibodi terhadap virus imunodefisiensi manusia (anti-HIV) atau antibodi terhadap virus hepatitis delta (anti-HDV) dalam serum dikeluarkan dari kajian.

Tindak balas virologi terhadap rawatan ditakrifkan dalam kajian ini sebagai kehilangan penanda serum replikasi HBV (HBeAg dan HBV DNA). Parameter tindak balas sekunder termasuk kehilangan HBsAg serum, penurunan ALT serum, dan peningkatan histologi hati.

Dalam setiap dua kajian terkawal secara rawak, sebahagian besar pesakit yang dirawat Intron A menunjukkan tindak balas virologi berbanding dengan pesakit kawalan yang tidak dirawat (lihat JADUAL 3). Dalam kajian ketiga tanpa kumpulan kawalan bersamaan, kadar tindak balas yang serupa dengan terapi Intron A diperhatikan. Prarawatan dengan prednison, dinilai dalam dua kajian, tidak meningkatkan kadar tindak balas dan tidak memberikan faedah tambahan.

Respons terhadap terapi Intron A tahan lama. Tiada pesakit yang bertindak balas terhadap terapi Intron A pada dos 5 juta IU QD atau 10 juta IU TIW berulang semasa tempoh susulan, yang berkisar antara 2 hingga 6 bulan selepas rawatan tamat. Kehilangan serum HBeAg dan DNA HBV dikekalkan dalam 100% daripada 19 pesakit yang bertindak balas diikuti selama 3.5 hingga 36 bulan selepas tamat terapi.

Sebilangan pesakit yang bertindak balas, kehilangan HBeAg diikuti dengan kehilangan HBsAg. HBsAg hilang dalam 27% (4/15) pesakit yang bertindak balas terhadap terapi Intron A pada dos 5 juta IU QD, dan 35% (8/23) pesakit yang bertindak balas terhadap 10 juta IU TIW. Tiada pesakit kawalan yang tidak dirawat kehilangan HBsAg dalam kajian ini.

Dalam kajian berterusan untuk menilai daya tahan jangka panjang tindak balas virologi, 64 pesakit yang menanggapi terapi Intron A telah diikuti selama 1,1 hingga 6,6 tahun setelah rawatan 95% (61/64) kekal sebagai HBeAg serum negatif, dan 49% (30 / 61) kehilangan HBsAg serum.

Terapi Intron A menghasilkan normalisasi serum ALT pada bahagian pesakit yang dirawat dengan jumlah yang jauh lebih besar berbanding pesakit yang tidak dirawat dalam setiap dua kajian terkawal (lihat JADUAL 4). Dalam kajian ketiga tanpa kumpulan kawalan bersamaan, normalisasi serum ALT diperhatikan pada 50% (12/24) pesakit yang menerima terapi Intron A.

Tindak balas virus berkaitan dengan penurunan ALT serum menjadi normal atau hampir normal (kurang daripada atau sama dengan 1.5 & kali ganda had atas normal) pada 87% (13/15) pesakit yang merespon terapi Intron A pada 5 juta IU QD, dan 100% (23/23) pesakit bertindak balas terhadap 10 juta IU TIW.

Penambahbaikan dalam histologi hati dinilai dalam Kajian 1 dan 3 dengan perbandingan prarawatan dan biopsi hati 6 bulan selepas rawatan menggunakan Indeks Aktiviti Histologi Knodell semikuantitatif. 9 Tidak ada perbezaan yang signifikan secara statistik dalam histologi hati pada pesakit yang dirawat berbanding dengan pesakit kawalan dalam Kajian 1. Walaupun peningkatan histologi yang signifikan dari awal diperhatikan pada pesakit yang dirawat dalam Kajian 3 (P & le0.01), tidak ada kumpulan kawalan untuk perbandingan . Daripada pesakit yang menunjukkan tindak balas virologi berikutan rawatan dengan 5 juta IU QD atau 10 juta IU TIW, peningkatan histologi diperhatikan pada 85% (17/20) dibandingkan dengan 36% (9/25) pesakit yang bukan responden virologi. Peningkatan histologi disebabkan terutamanya oleh penurunan keparahan nekrosis, degenerasi, dan keradangan di kawasan periportal, lobular, dan portal hati (Kategori Knodell I + II + III). Peningkatan histologi yang berterusan diperhatikan pada empat pesakit yang bertindak balas yang kehilangan HBsAg serum dan diikuti 2 hingga 4 tahun setelah berakhirnya terapi Intron A. 10

Keselamatan dan keberkesanan Intron A dalam rawatan hepatitis B kronik dinilai dalam satu percubaan terkawal secara rawak dari 149 pesakit yang berumur antara 1 tahun hingga 17 tahun. Tujuh puluh dua pesakit telah dirawat dengan 3 juta IU/m 2 terapi Intron A yang diberikan secara subkutaneus tiga kali seminggu (TIW) selama 1 minggu, dos kemudiannya dinaikkan kepada 6 juta IU/m 2 TIW selama sekurang-kurangnya 16 minggu sehingga 24 minggu. Dos mingguan maksimum ialah 10 juta IU TIW. Tujuh puluh tujuh pesakit adalah kawalan yang tidak dirawat. Kriteria kemasukan dan tindak balas kajian adalah sama dengan yang diterangkan dalam populasi pesakit dewasa.

Pesakit yang dirawat dengan terapi Intron A mempunyai tindak balas yang lebih baik (kehilangan DNA HBV dan HBeAg pada 24 minggu susulan) berbanding dengan kawalan yang tidak dirawat (24% [17/72] berbanding 10% [8/77] P = 0.05) . Enam belas daripada 17 responden yang dirawat dengan terapi Intron A tetap DNA HBV dan HBeAg negatif dan mempunyai serum ALT normal 12 hingga 24 bulan setelah selesai rawatan. Serum HBsAg menjadi negatif dalam 7 daripada 17 pesakit yang bertindak balas terhadap terapi Intron A. Tidak ada pesakit kawalan yang mempunyai DNA HBV dan tindak balas HBeAg menjadi HBsAg negatif. Pada 24 minggu tindak lanjut, normalisasi ALT serum serupa pada pesakit yang dirawat dengan terapi Intron A (17%, 12/72) dan pada pesakit kawalan yang tidak dirawat (16%, 12/77). Pesakit dengan DNA HBV awal kurang dari 100 pg / mL lebih cenderung untuk bertindak balas terhadap terapi Intron A daripada pesakit dengan DNA HBV dasar lebih besar daripada 100 pg / mL (masing-masing 35% berbanding 9%). Pesakit yang dijangkiti hepatitis B melalui penularan vertikal ibu mempunyai kadar tindak balas yang lebih rendah daripada mereka yang dijangkiti penyakit dengan cara lain (masing-masing 5% berbanding 31%). Tidak ada bukti bahawa kesan pada DNA HBV dan HBeAg terbatas pada subpenduduk tertentu berdasarkan usia, jantina, atau bangsa.

JADUAL 1 RESPONS MENGIKUT KIRAAN CD4 BASELINE* DALAM PESAKIT KS BERKAITAN AIDS
30 juta IU/m 2 TIW, SC dan 35 juta IU QD, SC
Tanpa gejala simptomatik
* Data untuk CD4, dan klasifikasi asimtomatik dan simptomatik tidak tersedia untuk semua pesakit.
CD4 & lt200 4/14 (29%) 0/19 (0%)
200 & leCD4 & le400 6/12 (50%) 0/5 (0%)
> 58%
CD4 & gt400 5/7 (71%) 0/0 (0%)
JADUAL 2 KADAR TANGGUNGJAWAB ALT TANGGUNGJAWAB SELAMA TERAPI DALAM HEPATITIK Kronik C PESAKIT Intron A 3 Juta IU TIW
Kumpulan Rawatan * - Bilangan Pesakit (%)
Nombor Pengajian Intron A 3 juta IU 24 minggu rawatan Intron A 3 juta IU 72 atau 96 minggu rawatan & keris Perbezaan (Dilanjutkan &mdash 24 minggu)
(95% CI) &Keris
* Kumpulan niat untuk merawat. & Belati Kajian 1: 72 minggu rawatan Kajian 2: 96 minggu rawatan. Selang Keyakinan & Dagger disesuaikan untuk pelbagai perbandingan kerana 3 lengan rawatan dalam kajian ini.
Respons ALT pada akhir susulan
1 12/101 (12%) 23/104 (22%) 10% (-3, 24)
2 9/67 (13%) 21/80 (26%) 13% (-4, 30)
Pengajian Gabungan 21/168 (12.5%) 44/184 (24%) 11.4% (2, 21)
Respons ALT pada akhir rawatan
1 40/101 (40%) 51/104 (49%) --
2 32/67 (48%) 35/80 (44%) --
JADUAL 3 RESPON VIROLOGI * DALAM PESAKIT HEPATITIS KRONIK
Kumpulan Rawatan&pisau - Bilangan Pesakit (%)
Nombor Kajian Intron A 5 juta IU QD Intron A 10 juta IU TIW Kawalan yang tidak dirawat Nilai P & Belati
* Kehilangan HBeAg dan DNA HBV oleh 6 bulan selepas terapi. & belati Pesakit yang dirawat dengan prednison tidak ditunjukkan. & Dagger Intron Kumpulan rawatan berbanding kawalan yang tidak dirawat. & sekte pesakit kawalan yang tidak dirawat dinilai setelah tempoh pemerhatian 24 minggu. Sebuah subkumpulan kemudiannya menerima terapi Intron A. Perbandingan langsung tidak boleh digunakan (NA).
1 7 15/38 (39%) -- -- 3/42 (7%) 0.0009
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.005
3 8 -- -- 13/24 & mazhab (54%) 2/27 (7%) & mazhab NA & mazhab
Semua Pengajian 15/38 (39%) 23/48 (48%) 6/91 (7%) --
JADUAL 4 RESPON ALT * DALAM PESAKIT HEPATITIS KRONIK
Kumpulan Rawatan - Bilangan Pesakit (%)
Nombor Kajian Intron A 5 juta IU QD Intron A 10 juta IU TIW Kawalan yang tidak dirawat Nilai P & belati
* Pengurangan serum ALT menjadi normal menjelang 6 bulan selepas terapi. & belati Intron Kumpulan rawatan berbanding kawalan yang tidak dirawat. &Dagger Pesakit kawalan yang tidak dirawat dinilai selepas tempoh pemerhatian 24 minggu. Subkumpulan kemudian menerima terapi Intron A. Perbandingan langsung tidak boleh digunakan (NA).
1 16/38 (42%) -- -- 8/42 (19%) 0.03
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.0034
3 -- -- 12/24 & Belati (50%) 2/27 (7%)&Keris NA & Belati
Semua Pengajian 16/38 (42%) 22/48 (46%) 11/91 (12%) --

Enzim kuno dapat meningkatkan kekuatan biopsi cair untuk mengesan dan profil kanser

Para saintis sedang mengembangkan satu set ujian perubatan yang disebut biopsi cair yang dapat dengan cepat mengesan kehadiran barah, penyakit berjangkit dan keadaan lain hanya dari sampel darah yang kecil. Penyelidik di University of Texas di Austin sedang mengembangkan alat baru untuk biopsi cair yang tidak lama lagi dapat memberikan gambaran yang lebih lengkap kepada doktor mengenai penyakit seseorang, meningkatkan peluang mereka untuk mendapatkan rawatan yang terbaik, sementara juga menghilangkan rasa sakit, ketidakselesaan dan lama bagi pesakit. masa menunggu yang berkaitan dengan biopsi pembedahan.

Alan Lambowitz, seorang profesor di Institut Biologi Selular dan Molekul dan Jabatan Biosains Molekul, dan pasukannya sedang mengkaji enzim purba dalam bakteria yang boleh digunakan untuk mengesan cebisan bahan genetik yang ditumpahkan oleh kanser atau sel berpenyakit lain ke dalam pesakit. aliran darah.

Banyak biopsi cecair semasa dapat mengesan DNA dalam darah yang lain dapat mengesan RNA, walaupun mereka cenderung kehilangan banyak biomarker RNA utama dan salah menafsirkan yang lain. Tetapi enzim purba ini, diterangkan dalam kertas yang diterbitkan hari ini dalam jurnal Sel Molekul, mengesan pelbagai RNA dengan ketepatan yang jauh lebih tinggi, yang berguna untuk memahami profil umum penyakit seperti barah dan maklumat khusus mengenai aktivitinya pada pesakit tertentu. Kaedah yang diperbaiki ini dapat memberikan alat utama bagi doktor yang mengejar impian perubatan ketepatan, atau rawatan yang disesuaikan dengan individu berdasarkan genetik dan sejarah hidup mereka, serta aspek unik dari penyakit mereka.

Dalam kajian baru ini, penyelidik pasca doktoral Jennifer Stamos menemui untuk pertama kalinya struktur molekul enzim pengesan RNA ini dalam tindakan, memberikan petunjuk tentang bagaimana ia berfungsi dan bagaimana ia dapat diperbaiki untuk digunakan dalam ujian perubatan.

Kedua-dua DNA dan RNA mempunyai maklumat genetik yang berguna untuk memahami keadaan penyakit seperti barah. DNA adalah seperti menu di restoran, yang berisi semua maklumat mengenai makanan yang dapat dipilih pelanggan pada hari tertentu, sedangkan RNA adalah seperti pesanan pelanggan - jumlah dan jenis makanan tertentu yang sebenarnya diminta.

"Biomarker DNA adalah statik. Mereka memberikan maklumat tentang mutasi yang menyebabkan penyakit, tetapi mereka tidak memberikan maklumat tentang kesan mutasi ini pada proses selular, yang boleh berbeza dalam individu yang berbeza, " kata Lambowitz. Itulah salah satu sebab mutasi penyebab barah boleh memberi kesan yang berbeza dan bertindak balas secara berbeza terhadap rawatan, bergantung pada individu, pertimbangan utama untuk perubatan yang diperibadikan.

Sebaliknya, "Memantau RNA selular memberikan gambaran tentang apa yang berlaku dalam tisu berpenyakit, seperti tumor, pada masa tertentu, " kata Lambowitz."Kaedah ini dapat digunakan untuk memantau perkembangan penyakit dari hari ke hari dan tindak balas terhadap rawatan dan untuk meramalkan bagaimana individu yang berbeza dengan barah yang sama akan bertindak balas terhadap rawatan yang berbeza."

Lambowitz membayangkan biopsi cair yang, dalam kombinasi dengan alat lain, akan memberikan semua maklumat ini kepada profesional kesihatan. Kumpulan enzim yang dia kaji dan yang dia percaya boleh membantu dipanggil TGIRTs (disebut TIE-girts), singkatan untuk transkripase terbalik intron kumpulan II termostable. TGIRT mencari untaian RNA dan mencipta untaian pelengkap DNA yang mengekod maklumat yang sama dan boleh disusun dengan pantas untuk memberikan maklumat diagnostik. Kerana mereka dapat membuat salinan DNA hampir semua jenis RNA dari bahan awal dalam jumlah yang sangat kecil, mereka akan melakukan pekerjaan yang lebih baik dalam menangkap biomarker untuk penyakit daripada apa yang ada dalam biopsi cecair berasaskan RNA, menurut Lambowitz.

Lambowitz dan pasukannya bekerjasama dengan doktor untuk menguji biopsi cecair berdasarkan enzim TGIRT ini. Satu, di Pusat Kanser MD Anderson Universiti Texas di Houston, memberi tumpuan kepada kanser payudara radang. Satu lagi, di Pusat Perubatan Nasional City of Hope berhampiran Los Angeles, memfokuskan pada pelbagai myeloma, sejenis kanser yang menjejaskan sel dalam sumsum tulang. Jika berjaya, biopsi cecair baharu ini akan menyertai teknik biopsi cecair lain yang telah digunakan, seperti yang mengesan dalam darah keabnormalan kromosom ibu hamil dalam janin yang sedang berkembang.

TGIRT ialah enzim purba yang bermula pada masa apabila maklumat genetik disimpan terutamanya dalam RNA tetapi kehidupan sedang beralih kepada DNA. Penemuan utama kajian ini adalah bahawa enzim TGIRT sangat mirip dengan enzim dari virus RNA, yang menyalin RNA. Ini menyoroti potensi peranan evolusi TGIRT dan enzim yang berkait rapat dalam evolusi organisma masa kini, yang menggunakan DNA untuk bahan genetik.

Pengarang bersama kajian yang lain ialah Alfred Lentzsch, seorang pelajar siswazah dalam biosains molekul.

Karya ini disokong oleh Institut Kesihatan Nasional dan Yayasan Welch.

Enzim dan kaedah TGIRT untuk penggunaannya adalah subjek paten dan permohonan paten yang telah dilesenkan oleh The University of Texas dan East Tennessee State University kepada syarikat spin-off University of Texas, InGex LLC. Lambowitz dan universiti adalah pemegang ekuiti minoriti di InGex, dan universiti, Lambowitz dan beberapa anggota makmalnya yang sekarang dan bekas menerima pembayaran royalti dari penjualan enzim dan kit TGIRT dan pelesenan harta intelek.


Transkrip pertanyaan vs Rujukan

Tujuan asal GffCompare adalah tentang menilai sejauh mana tepat satu set transkrip "novel" ("pertanyaan") sepadan dengan anotasi rujukan. Untuk menilai ketepatan dan kepekaan dengan betul ketika membandingkan dua set transkrip, perhatian khusus mesti diambil untuk entri "pendua" atau "berlebihan" dalam setiap set.

GffCompare cuba mengesan dan membuang transkrip pendua seperti itu, dan ia menggunakan andaian yang sedikit berbeza untuk set * rujukan * (yang diberikan dengan pilihan -r) berbanding dengan set "pertanyaan". GffCompare secara lalai lebih ketat apabila menilai lebihan dalam set rujukan berbanding dalam set pertanyaan. "Ketegangan" ini juga mempengaruhi transkrip ekson tunggal (SET) dan transkrip berbilang ekson (MET) yang berbeza:

  • Apabila memuatkan transkrip rujukan:
    • SET (transkrip ekson tunggal) dianggap "pendua" (iaitu padanan dan berlebihan) jika yang lebih pendek adalah terkandung sepenuhnya dalam batas yang lebih besar DAN jika yang lebih pendek sekurang-kurangnya 80% dari panjang yang lebih besar
    • MET dianggap berlebihan jika ia mempunyai rantaian intron yang sepadan sepenuhnya DAN jika sempadan transkrip yang lebih pendek adalah terkandung sepenuhnya dalam batas-batas yang lebih besar (jadi ekson terminal satu transkrip keduanya selalu lebih panjang atau sama dengan ekson terminal yang bertindih dari yang lain).
    • SET dianggap berlebihan menggunakan penilaian "padanan" kabur seperti ini:
      • kawasan bertindih ialah >= 80% daripada panjang transkrip yang lebih besar ATAU (>=70% daripada panjang transkrip yang lebih besar DAN >= 80% daripada panjang transkrip yang lebih pendek) Klausa yang terakhir kelihatan agak berlebihan tetapi khusus itu check juga digunakan di tempat lain dalam gffcompare, iaitu untuk kes "pembendungan terbalik" apabila kami ingin melonggarkan cara kami menilai "padanan" dengan rujukan apabila rujukan lebih pendek daripada pertanyaan dan mungkin "hampir terkandung" dalam pertanyaan .

      Kerana cara-cara yang berbeza untuk menilai "redundansi" dalam set transkrip pertanyaan berbanding transkrip rujukan, seseorang mungkin mendapati bahawa menjalankan GffCompare dari satu set transkrip berbanding dirinya sendiri dalam beberapa kes boleh menyebabkan angka ketepatan yang TIDAK semuanya 100% masuk fail output statistik, jika set itu mempunyai transkrip yang mungkin didapati "berlebihan" secara berbeza apabila fail dimuatkan sebagai set "pertanyaan" berbanding apabila fail yang sama dimuatkan sebagai rujukan set.

      GffCompare boleh dipaksa menggunakan kriteria "redundansi" yang sama untuk kedua-dua set data pertanyaan dan rujukan dengan menggunakan -S pilihan yang menguatkuasakan "pemeriksaan ketat" yang sama bagi pembendungan sempadan dsb. untuk set data "pertanyaan" seperti untuk set data rujukan.


      Penjanaan ketidaktentuan berasaskan kejiranan dalam rangkaian sosial

      Ketidaktepatan, ketidaklengkapan dan dinamik ada dalam berbagai aplikasi rangkaian. Sukar untuk memutuskan hubungan ketidakpastian antara nod kerana model tradisional tidak bermakna dalam rangkaian yang tidak pasti, dan kerumitan pengiraan yang wujud bagi masalah dengan ketidakpastian sentiasa sukar dikawal. Dalam makalah ini, kami mengkaji bagaimana menangkap ketidakpastian dalam rangkaian dengan mengubah serangkaian gambar rangkaian menjadi grafik tidak pasti. Skema persampelan novel juga dicadangkan yang memungkinkan pengembangan algoritma yang efisien untuk mengukur ketidakpastian dalam rangkaian. Mengingat aspek praktikal hubungan kejiranan dalam jaringan nyata, kerangka diperkenalkan untuk mengubah jaringan yang tidak pasti menjadi jaringan berwajaran deterministik di mana bobot di tepi dapat diukur dengan indeks seperti Jaccard. Keputusan penilaian percubaan komprehensif pada data sebenar menunjukkan keberkesanan dan kecekapan algoritma kami.

      Ini ialah pratonton kandungan langganan, akses melalui institusi anda.


      Latar belakang

      Tuberous sclerosis complex (TSC) adalah gangguan dominan autosomal yang dicirikan oleh perkembangan hamartoma dalam pelbagai organ dan tisu, termasuk otak, kulit dan buah pinggang [1]. Penetrance tinggi tetapi manifestasi fenotip penyakit ini berubah-ubah. Sebilangan individu hanya menunjukkan tanda-tanda kecil penyakit, kadang-kadang tanpa gejala yang jelas. Lain-lain terjejas teruk dari usia awal dan di beberapa tapak di seluruh badan. Kira-kira dua pertiga daripada kes adalah sporadis.

      Dalam 75 - 90% individu yang diuji dikategorikan sebagai TSC pasti mengikut Kriteria Diagnostik Klinikal Persidangan Konsensus 1998 [2], mutasi sama ada TSC1 pada kromosom 9q34 atau TSC2 pada kromosom 16p13.3 dikenal pasti [3]. TSC1 dan TSC2 adalah gen penekan tumor yang masing-masing mengekod hamartin (TSC1 130 kDa) dan tuberin (TSC2 200 kDa). TSC1 dan TSC2 membentuk kompleks protein stabil yang sebagai tindak balas kepada pelbagai isyarat selular, terutamanya faktor pertumbuhan dan ketersediaan tenaga, mengatur aktiviti sasaran mekanisme kompleks rapamycin (mTOR) 1 (TORC1) [4]. TORC1 adalah pengatur pusat metabolisme sel, mengawal sintesis protein, lipid dan pyrimidine dan autophagy [5]. Penjelasan tentang peranan kompleks TSC1-TSC2 dalam isyarat TORC1 telah memberikan pandangan baharu tentang biologi sel asas dan, yang penting bagi pesakit TSC, telah membawa kepada pembangunan terapi baharu yang menjanjikan berdasarkan penggunaan perencat TORC1 tertentu seperti rapamycin dan derivatif [6].

      Diagnosis awal TSC memudahkan kaunseling genetik, intervensi terapi dan pemantauan penyakit [1]. Namun, variasi yang luas dalam fenotip TSC bermaksud menetapkan diagnosis klinikal TSC yang pasti boleh menjadi cabaran, terutama bagi pasien muda. Cadangan Persidangan Konsensus TSC Antarabangsa 2013 adalah bahawa pengenalpastian patogen yang jelas TSC1 atau TSC2 mutasi sepatutnya mencukupi untuk membuat diagnosis TSC, walaupun tanpa tanda klinikal yang jelas [1]. Malangnya, walaupun terdapat kemajuan yang luar biasa dalam penyelidikan TSC sejak sedekad yang lalu, ujian molekul konvensional gagal untuk mengenal pasti patogenik. TSC1 atau TSC2 mutasi pada 10 - 25% individu dengan TSC. Pesakit ini biasanya dirujuk sebagai TSC tiada mutasi dikenal pasti (NMI) [7].

      Sebagai tambahan kepada kegagalan teknikal, ada beberapa kemungkinan sebab ketidakmampuan untuk mengesan mutasi pada individu TSC NMI. Pertama, mutasi kepada gen lain yang belum dikenali boleh menyebabkan TSC. Kedua, perubahan epigenetik perlembagaan, seperti metilasi promoter yang menyebabkan senyap transkrip [8], mungkin berlaku. Ketiga, kelas mutasi tertentu, seperti mutasi mozek dan mutasi di kawasan intronik dan kawal selia mungkin tidak dapat dikesan menggunakan ujian konvensional. Pembangunan kaedah penjujukan selari secara besar-besaran, yang dipanggil teknologi Penjujukan Generasi Seterusnya (NGS), telah memungkinkan untuk menggunakan pendekatan baharu untuk pengesanan mutasi [9], dan mempunyai potensi untuk meningkatkan hasil mutasi yang dikenal pasti dalam individu dengan TSC. Kaedah pengesanan mutasi hasil tinggi akan membantu mengurangkan ketidakpastian dan kegelisahan pada sebilangan besar individu dan keluarga yang kaedah diagnostik yang ada tidak bermaklumat. Strategi NGS telah diterapkan pada individu TSC NMI. Sebagai contoh, dalam satu siri 38 individu TSC NMI, 2 (6%) mutasi mozek dan 5 (13%) mutasi heterozigot yang telah terlepas oleh kaedah pengesanan mutasi lain telah dikenal pasti menggunakan penjujukan ultra-dalam khusus ekson [10]. Satu batasan pendekatan ini adalah bahawa ia terhad kepada ekson dan urutan intronik bersebelahan TSC1 dan TSC2. Mutasi jauh dalam intron atau dalam jujukan penganjur dan peraturan lain tidak dapat dikesan.

      Di sini kami memaparkan hasil kajian rintis menggunakan NGS yang disasarkan untuk menyiasat DNA 7 orang dengan TSC yang pasti, disahkan secara klinikal di mana analisis mutasi konvensional yang luas gagal mengenal pasti mutasi patogen. Selain memberikan kepastian kepada individu ini mengenai status mutasi mereka, pengecualian adanya patogenik TSC1 atau TSC2 mutasi pada individu ini akan membantu mengenal pasti kohort untuk mengenal pasti dugaan TSC3 lokus. Kami menggunakan kaedah penangkapan sasaran HaloPlex [11]. Teknik ini bergantung pada penangkapan khusus serpihan sekatan dari lokus minat diikuti dengan penguatan dan penjujukan serpihan yang ditangkap. Haloplex mempunyai kelebihan bekerja dengan set serpihan yang ditentukan, yang memudahkan analisis data [12]. Dalam 3 individu kami mengenal pasti dan mengesahkan a TSC2 mutasi yang telah terlewat, atau tidak dapat dikesan, menggunakan pendekatan saringan berasaskan ekson konvensional. Dalam individu yang selebihnya kami mengenal pasti varian novel daripada sama ada TSC1 dan TSC2 loci. Walau bagaimanapun, kepentingan klinikal varian ini masih belum pasti. Kajian rintis kami menunjukkan bahawa NGS yang disasarkan akan meningkatkan hasil TSC1 dan TSC2 mutasi yang dikenal pasti dalam populasi pesakit TSC.


      Maklumat sokongan

      Jadual S1. Senarai semua alat yang digunakan dalam aliran kerja struktur (S), fungsional (F), dan genomik perbandingan (C).

      Versi terkini alat yang disajikan di sini boleh didapati di https://github.com/TAMU-CPT/galaxy-tools.

      Jadual S2. Konsensus dan turunan kemungkinan urutan Shine-Dalgarno yang merupakan lalai dalam ShineFind.

      Secara lalai, alat ShineFind mencari dalam 3–24 nukleotida hulu kodon permulaan yang diberikan untuk tapak Shine-Dalgarno yang paling lama, atau pertama, mungkin yang sepadan dengan yang berikut, bermula dengan E. coli muafakat.

      Jadual S3. Senarai nama dan pengecam umum yang digunakan dalam BLAST.

      Setiap kategori boleh digunakan secara berasingan atau bersama untuk menyekat analisis BLAST oleh TaxID. Nama biasa Phage dan nombor penyertaan NCBI disertakan dalam pangkalan data phages kanonik tersuai, yang juga dipra-disusun sebagai pangkalan data BLAST. Baris tebal mengandungi wakil yang dikaji dengan baik bagi setiap morfotaip.

      Jadual S4. Pautan aliran kerja CPT Galaxy yang berguna.

      Versi semasa semua aliran kerja yang diterbitkan boleh diakses di https://cpt.tamu.edu/galaxy-pub/workflows/list_published.

      Jadual S5. Perbandingan anotasi genom phage yang dilakukan menggunakan kaedah yang berbeza.

      Lima fasa, fasa kanonik T1 dan empat yang sebelumnya diberi penjelasan di CPT, dinilai dengan RASTtk dan ciri-ciri dibandingkan. Bilangan ciri gen yang disenaraikan adalah satu kiraan, tidak menggambarkan kemungkinan bahawa gen yang sama sekali berbeza, atau gen dengan permulaan alternatif, dipanggil. Kiraan protein hipotesis dimaksudkan sebagai proksi untuk anotasi fungsional. Oleh kerana RASTtk juga menggunakan nama "protein phage" yang tidak spesifik, istilah ini secara berasingan dihitung. Dalam baris ciri tambahan disenaraikan gen dan aspek lain dari genom fag yang biasanya hanya dikenal pasti dengan pemeriksaan manual, dan yang hanya dikenal pasti saluran paip kami di sini. tmp = pita pengukur protein, dan penamat merujuk kepada penamat bebas rho yang diramalkan oleh TransTermHP. Data anotasi yang disusun boleh dilayari oleh orang ramai di https://cpt.tamu.edu/apollo/jbrowse/.


      AdR merancang semua eksperimen, menganalisis data dan menulis naskah.

      Laporan pengulas 1

      Scott Roy, Pusat Ekologi dan Evolusi Molekul Allan Wilson, Universiti Massey, Palmerston North, New Zealand. Dicalonkan oleh Anthony Poole.

      "Kedudukan intron yang dipelihara dalam modul protein purba" oleh de Roos. Makalah ini mengambil pendekatan yang bijak untuk cuba membezakan antara perspektif intron-lewat dan intron-awal. Banyak bukti sebelumnya untuk teori intron-awal telah bergantung pada hubungan kedudukan intron dengan kerangka pengekodan urutan eksonik yang mengapit, atau dengan struktur tiga dimensi protein yang sesuai, penemuan yang keberadaan dan kaitannya tidak selalu diterima oleh penyokong intron-lewat. Mengelakkan landskap berselerak lombong ini, de Roos menyiasat satu lagi ramalan tentang kehadiran intron dalam LUCA – jika intron (terutamanya) dicipta pada zaman purba, ia sepatutnya berada dalam jujukan purba. Walau bagaimanapun, saya sangat prihatin dengan pelbagai masalah metodologi, dan oleh itu mengesyaki bahawa hasilnya tidak memaklumkan perbahasan.

      Tanggapan pengarang

      Sejajar dengan komen pengulas lain, saya kurang memfokuskan pada diskriminasi antara intron-lewat dan introns-awal, tetapi lebih kepada sokongan teori gen Exon. Saya juga membincangkan kemungkinan berat sebelah dalam keputusan dan cara ini disiasat.

      Penulis membentangkan tiga baris bukti berkaitan untuk intron pra-LUCA. Pertama, intron yang dipelihara cenderung terdapat di domain protein yang dipelihara. Kedua, di antara urutan terpelihara, urutan yang mengandungi intron lebih terpelihara (iaitu pemuliharaan urutan meluas lebih jauh di sepanjang urutan protein). Ketiga, intron yang dipelihara lebih disukai ditemui dalam gen yang sama dengan ketiga-tiga domain kehidupan.

      Penjelasan alternatif untuk penemuan pertama, bahawa intron cenderung ditemui dalam domain protein terpelihara, ialah terdapat kecenderungan dalam penemuan intron 'terpelihara'. Di sini, intron terpelihara bermaksud intron yang berkongsi kedudukan merentas kumpulan eukariotik dalam jujukan yang sangat terpelihara (contohnya 6 sisa terpelihara dengan tepat). Begitu juga, domain pada masa ini secara amnya ditakrifkan oleh pemuliharaan jujukan merentasi jarak evolusi yang panjang. Oleh itu, penemuan ini mengurangkan kepada: intron dalam urutan pendek yang sangat terpelihara lebih disukai dijumpai dalam urutan yang lebih lama dipelihara. Ini tidak menghairankan. Tanpa kawalan negatif yang halus, sukar untuk membezakan isyarat kuno di atas kecenderungan yang berpotensi ini.

      Tanggapan pengarang

      Saya sedar bahawa penemuan intron yang dipelihara dalam domain terpelihara tidak membuktikan asal kuno, kerana kaedah pencarian tidak dapat membezakan secara langsung antara penyisipan pada awal pohon eukariotik. Walau bagaimanapun, teori gen Exon mengharapkan intron terpelihara dalam modul kuno dan bahagian pertama artikel ditetapkan untuk mencari potensi intron terpelihara. Dengan cara ini ia adalah pengesahan hipotesis, walaupun ia tidak boleh dianggap sebagai bukti. Saya merancang eksperimen dalam Gambar & # x200B Gambar5 5 dan & # x200B dan6 6 untuk menangani perkara ini (lihat di bawah). Sifat berat sebelah dan cara perkara ini telah disiasat kini dinyatakan secara eksplisit.

      Penemuan kedua adalah ingin tahu, tetapi saya takut mungkin juga dijelaskan oleh batasan dalam metodologi. Di sini, penemuan utama ialah jujukan pendek sangat terpelihara yang mengandungi intron terpelihara lebih berkemungkinan terletak dalam jujukan panjang sangat terpelihara berbanding jujukan yang tidak mengandungi intron. Memandangkan besarnya pangkalan data urutan, kemungkinan beberapa enammers yang sangat terpelihara akan menjadi positif palsu & # x02013 iaitu mereka tidak akan menggambarkan homologi yang sebenar. Kebarangkalian positif palsu dikurangkan dengan adanya intron terpelihara (urutan terpelihara, urutan intron terpelihara sebahagian besarnya mungkin homolog). Oleh itu, set yang mengandungi intron terpelihara mungkin mengandungi lebih sedikit positif palsu daripada set kawalan. Kadar positif palsu yang lebih tinggi di antara set kawalan meramalkan tahap pemuliharaan urutan yang lebih rendah, seperti yang dilihat. Oleh itu, sekali lagi sukar untuk melihat isyarat kuno.

      Tanggapan pengarang

      Untuk menyiasat kemungkinan berat sebelah, eksperimen dalam Rajah ​ Rajah.5 5 dirancang, adakah situasi kawalan dibuat yang menggunakan metodologi yang sama, tetapi sekarang tanpa intron. Telah ditunjukkan bahawa urutan tanpa intron lebih jarang dijumpai dalam domain atau urutan yang terpelihara. Dalam erti kata lain, jika sampel diambil daripada pangkalan data genomik yang memilih jujukan pendek dan sangat serupa, gen yang berada di dalamnya adalah lebih kuno jika intron juga dikongsi antara jujukan ini. Ini tidak dijangka apabila jujukan dengan intron hanyalah subset set yang lebih besar dengan jujukan terpelihara tanpa mengira intron.

      Andaian bahawa kebarangkalian positif palsu dikurangkan dengan banyaknya dengan kehadiran intron terpelihara sebenarnya telah diuji dalam eksperimen. Walaupun bukan bukti untuk asal usul purba, ini menguatkan penemuan bahawa intron pada kedudukan yang sama dalam gen yang dipelihara adalah homolog dan akan selaras dengan teori gen Exon..

      Penemuan terakhir, bahawa urutan pencocokan yang mengandung intron lebih banyak dijumpai di seluruh domain kehidupan, tidak signifikan secara statistik: pecahan urutan yang mengandung intron dalam gen 'kuno' (8/19) tidak berbeza secara statistik daripada pecahan urutan intronless (10/51 P = 0.07 oleh Fisher Exact Test). Oleh itu, walaupun perbezaan pecahan gen purba sangat menjurus, kita tidak dapat menyimpulkan apa pun dari penemuan ini. Di samping itu, saya bimbang bahawa ujian ini juga mungkin menghadapi masalah yang serupa dengan yang dibincangkan di atas.

      Tanggapan pengarang

      Set ini terdiri daripada jujukan di mana hanya jujukan tapak splice dipadankan (2 × 3 sisa), tetapi tidak menunjukkan sebarang persamaan gen yang lebih ketara. Memang benar bahawa nilai ini tidak berbeza secara statistik, dan ini kini ditunjukkan (saya dapati p = 0.053 menggunakan ujian T Pelajar). Walau bagaimanapun, terdapat lebih daripada satu ujian yang mencadangkan kemaknaan: a) persamaan jujukan keseluruhan, b) wakil modul protein purba, dan c) wakil modul protein yang dikongsi antara prokariot serta eukariota. Walaupun ujian ini tidak boleh dianggap benar-benar bebas, set kawalan menunjukkan bahawa intron berada dalam urutan kuno.

      Di samping itu, kaedah tidak lazim yang digunakan (pemuliharaan jujukan lengkap berbanding serpihan jujukan pendek) sukar dinilai memandangkan kekurangan sejarah untuk kaedah tersebut. Tidak jelas mengapa kaedah ini dipilih berbanding alat tradisional yang banyak. Ini menyukarkan untuk mentafsir data.

      Tanggapan pengarang

      Saya telah memasukkan satu perenggan yang membincangkan kaedah yang digunakan, dan menambahkan set hasil potensi inton yang terpelihara.

      Dengan mengandaikan senario 'teori gen Exon' (de Roos, 2005), saya berangkat mencari intron yang terpelihara. Saya mentakrifkan potensi intron terpelihara hanya dengan intron yang dikongsi dalam urutan pendek, tanpa sebarang prapilihan jenis gen. Memandangkan SQL ialah alat yang berkuasa untuk mengekstrak maklumat khusus daripada sumber data hubungan yang besar, ini dengan cepat membawa kepada intron yang boleh dianggap terpelihara. Oleh kerana pemadanan urutan dilakukan menggunakan algoritma sederhana yang membandingkan kesamaan urutan, mudah untuk mengawal pemboleh ubah dan melakukan eksperimen dengan urutan kawalan seperti dalam Rajah. & # X200B Rajah 5. 5. Saya percaya ini adalah salah satu kelebihan utama: cara penyoalan yang mudah memungkinkan untuk mereka bentuk eksperimen ramalan dengan menukar satu parameter pada satu masa dan menggunakan situasi kawalan.

      Satu pertimbangan selanjutnya ialah penggunaan perkataan 'kuno.' Kata ini secara tradisional dicadangkan dalam konteks perdebatan intron untuk periode sebelum perbezaan eukariota dari prokariota, dan perbezaan ini menjadi semakin penting dengan bukti yang semakin meningkat untuk kehadiran intron yang signifikan pada eukariota awal. Satu cara untuk membezakan kedua-dua zaman adalah antara 'purba' dan 'purba/eukariotik awal'.

      Tanggapan pengarang

      Ini adalah perbezaan penting dan telah dibuat lebih jelas dalam artikel itu. Walaupun sukar untuk membuat perbezaan antara eukariotik purba dan purba/awal dengan eksperimen yang dibentangkan, data adalah selaras dengan asal purba (sebelum perpecahan pro/eukariotik). Namun, saya menganggap bahawa eukariota tidak berasal dari prokariota, tetapi mereka berdua mempunyai nenek moyang yang genomnya mirip eukariotik.

      Mengikuti keputusan panjang sebelumnya, de Roos mengenal pasti kedudukan intron yang dikongsi antara kumpulan eukariotik luas. Analisis statistik sebelumnya mengenai bilangan dan taburan corak ini telah menyimpulkan bahawa sebilangan besar ini mewakili kedudukan nenek moyang, yang menunjukkan bahawa sudah ada bilangan intron yang besar pada masa perbezaan. Walaupun kumpulan eukariotik yang digunakan di sini (dan di tempat lain) mungkin tidak memungkinkan untuk menyimpulkan kehadiran intron pada nenek moyang terakhir dari semua eukariota yang masih ada, kita sekarang boleh yakin bahawa sudah ada sebilangan besar intron pada nenek moyang eukariota terakhir, sejak spliceosome dikongsi secara meluas di kalangan eukariota, dan sejumlah besar kedudukan intron dikongsi antara eukariota yang berpotensi mencapah awal dan lain-lain (Slamovits dan Keeling tahun ini mengukuhkan pautan terakhir, menunjukkan pemuliharaan lebih daripada 0.5 intron setiap gen antara spesies penggalian dan 'kemudian -mencapah' spesies, mengesahkan kerja Archibald, O'Kelly dan Doolittle 2002).

      Saya membawa ini untuk menunjukkan dua perkara. Pertama, perdebatan mengenai waktu intron kini berakhir sama ada intron timbul pada nenek moyang sejagat atau antara nenek moyang eukariotik-nenek moyang dan nenek moyang eukariotik terakhir. Walaupun penemuan pemuliharaan intron atau ciri berkaitan penyambungan merentas eukariota menggariskan fakta bahawa intron adalah sangat tua dalam eukariota, ia tidak membantu kita untuk membezakan masa asal intron spliceosomal. Kedua, adalah penting untuk menunjukkan bahawa penemuan sebilangan besar intron dalam eukariota awal tidak pada dasarnya transformatif untuk perdebatan awal / akhir intron. Walaupun kehadiran intron yang besar jelas bergema dengan intron-awal (dan mungkin hampir diperlukan untuk model), ia tidak bercanggah dengan model intron-akhir. Prinsip asas intron-late adalah bahawa intron muncul setelah nenek moyang universal yang terakhir, sehingga kehadiran intron di eukariota awal hanya menyempurnakan masa asal pada model itu.

      Tanggapan pengarang

      Saya menulis semula ayat yang menyiratkan percanggahan antara introns-late. Sebaliknya saya memberi tumpuan kepada keputusan yang selaras dengan teori gen Exon. Sebaliknya, corak intron terpelihara dalam modul protein purba, taburan fasa dan korelasi dengan kekunoan gen seperti yang dilihat dalam artikel ini, juga boleh menjadikan model mekanistik untuk intron-lewat lebih sukar dan oleh itu relevan dengan perbahasan..

      Saya berpendapat bahawa persoalan terpenting dalam menguraikan asal-usul intron adalah sama ada intron dimasukkan ke dalam gen yang telah dibentuk, atau berdasarkan pada gen itu sendiri. Memasukkan intron pada tahap DNA nampaknya sangat sukar kerana fakta bahawa intron harus dipotong pada tahap RNA dengan sempurna agar berfungsi. Saya tidak melihat mekanisme untuk evolusi spliceosome secara beransur-ansur dan sisipan intron yang boleh menangani kesan kecergasan negatif senario sedemikian. Selain itu, model sisipan intron harus menjelaskan bagaimana gen kompleks timbul di tempat pertama tanpa bantuan ekson. Oleh itu, selagi teka-teki mekanistik belum dapat diselesaikan, saya menganggap perdebatan masih terbuka.

      Sehubungan dengan ini, kita boleh bertanya sama ada ujian seperti yang dijalankan di sini berkemungkinan memberi penerangan tentang perbahasan awal/lewat intron. Kehadiran intron bersama dalam gen eukariotik bersama tidak menjelaskan sama ada intron ini berasal dari zaman sebelumnya. Satu pendekatan yang mungkin adalah membandingkan ketumpatan intron antara gen purba (kongsi eukariotik-prokariotik) dan gen eukariotik purba. Namun, walaupun dalam kes ini, perbezaan tidak akan menjadi sokongan muktamad bagi intron kuno, kerana asal-usul banyak gen eukariotik nenek moyang mungkin bertarikh asal usul intron. Dan ini mengesampingkan kadar perbezaan kehilangan intron di seluruh gen, hakikat bahawa gen yang timbul oleh penduaan gen (dan kemudian menyimpang di luar pengiktirafan) dapat mengekalkan intron nenek moyang, dan kesukaran dengan membezakan gen khusus eukariotik dari ketidakmampuan program seperti BLAST untuk mengesan homologi.

      Tanggapan pengarang

      Pendekatan lain mungkin untuk pertama-tama menguraikan langkah-langkah mekanistik dalam teori gen Exon untuk membina genom, dan kemudian membandingkan pembinaan gen eukariotik dengan gen prokariota dan melihat apakah gen itu disusun dengan cara yang serupa. Dalam hal ini, tapak splice proto seperti yang dicadangkan oleh Dibb dan Newman[49]boleh juga mewakili sisa-sisa rangkaian exon purba (lihat[18]).

      Laporan penyemak 2

      Sandro de Souza, Institut Penyelidikan Kanser Ludwig, Sao Paulo, Brazil. Dicalonkan oleh Manyuan Long

      Albert de Roos mengembangkan cara baru untuk mengenal pasti kedudukan intron yang terpelihara antara taksa dari berbagai kerajaan kehidupan. Daripada mencari kedudukan intron yang dipelihara dalam gen yang berkaitan, de Roos mencari "tapak sambatan" yang dipelihara dalam pangkalan data intron. Dengan "tapak sambatan", ia bermaksud segmen urutan protein (10 residu aa) yang mengapit kedudukan intron. Dia menganggap kedudukan intron dilestarikan ketika "splice site" ini dipulihara (6 dari 10 residu di tetingkap itu) antara dua urutan protein yang berkaitan jauh. Strategi ini mungkin menarik kerana ia boleh mengenal pasti kes yang terlepas oleh pendekatan lain. Walaupun saya mengiktiraf usaha penulis dalam cuba melihat masalah ini dengan strategi yang berbeza dan kreatif, saya mendapati manuskrip itu sukar untuk diikuti dan sangat spekulatif dengan banyak andaian yang tidak disokong oleh data. Selanjutnya, kerana ini adalah strategi baru, pengarang harus memberikan lebih banyak perincian mengenai metodologi dan juga memberikan lebih banyak analisis untuk datasetnya. Saya akan senaraikan beberapa masalah di bawah secara demi poin untuk memudahkan penulis membalasnya.

      Tanggapan pengarang

      Saya telah menukar artikel untuk lebih memfokuskan pada data yang menyokong asal 'awal' intron, tetapi tidak membuktikan intron-awal, dan dengan sendirinya tidak boleh menafikan intron-lewat. Artikel itu terlalu kuat dalam aspek itu.

      Secara keseluruhan, saya menghadapi banyak masalah dengan bahagian "Pengenalan", di mana banyak rujukan penting salah disebut atau diabaikan.

      • Sebagai contoh, petikan asal untuk teori awal intron diberikan kepada kertas kerja Gilbert 86 tentang dunia RNA dan ulasan daripada Gilbert dan rakan sekerja dalam Cell (juga daripada 86). Di sini makalah yang dikutip mestilah kertas Nature 1978 dari Ford Doolittle dan kertas "Exon Theory of Genes" dari Gilbert pada tahun 1987, yang paling mewakili fasa awal teori intron-awal.

      • Tambahan pula, teori sintetik evolusi intron, yang dibangunkan oleh saya sendiri, Scott Roy dan Wally Gilbert diabaikan sama sekali.

      & # x02022 Pada titik tertentu, makalah yang disebut sebagai bukti untuk korelasi antara kedudukan intron dan batas modul pastinya ketinggalan zaman. Makalah dari de Souza et al (1996), de Souza et al (1998) dan Fedorov et al (2001) tidak dihiraukan tetapi paling sesuai mewakili aspek konseptual yang diterokai oleh pengarang.

      Tanggapan pengarang

      Saya menukar rujukan dan menulis semula pengenalan.

      1) Pada perenggan terakhir dari bahagian "Pengenalan", penulis menyatakan bahawa alasan untuk naskah ini didasarkan pada anggapan bahawa ". seseorang akan menjangkakan untuk mencari intron terpelihara khususnya dalam protein purba". Dalam cara yang dipersembahkan, ini kedengaran salah. Intron yang dipelihara antara vertebrata dan invertebrata tidak semestinya terletak dalam gen purba. Saya fikir pengarang harus lebih jelas dengan mengatakan bahawa pemuliharaan ini harus jauh di antara empat kerajaan yang dia akan sebutkan nanti.

      Tanggapan pengarang

      Saya menulis semula pendahuluan dan artikelnya memfokuskan pada pengenalpastian kemungkinan intron kuno dan ciri-cirinya.

      2) Adalah baik untuk mempunyai penerangan yang lebih terperinci tentang 251 (atau 250?) kedudukan intron yang dipelihara. Keseluruhan senarai kedudukan mesti ada. Tahap ketegasan yang digunakan dalam analisis juga tidak jelas. Sejauh yang saya fahami satu padanan sederhana yang melibatkan protein, misalnya, manusia dan Arabidopsis sudah cukup untuk menandakannya seperti yang dipelihara.

      Tanggapan pengarang

      Saya memasukkan keseluruhan set hasil intron yang berpotensi terpelihara, serta kumpulan yang lebih besar dengan gen yang sangat homolog yang dibersihkan untuk mendapatkan 251 intron kuno yang berpotensi. Bendera 'dikongsi antara kerajaan eukariotik utama' sememangnya berdasarkan kejadian pada tumbuhan dan juga haiwan. Untuk melayakkan lebih lanjut untuk 'dipelihara', urutan tapak sambatan dan kedudukan intron harus dipelihara, serta menunjukkan lebih homologi lebih jauh dari tapak sambatan. Ketegasan juga dibincangkan dalam artikel.

      3) Oleh kerana ini adalah kaedah baru, penulis harus membandingkan set datanya dengan set data lain. Sebagai contoh, set data yang dilaporkan oleh Rogozin et al (Curr. Biol 13:1512�, 2003) telah dianalisis oleh pengarang ini dan oleh Roy dan Gilbert (PNAS 102:1986�, 2005). Set data nampaknya berbeza secara signifikan. Mereka semestinya kerana metodologinya berbeza tetapi penulis perlu meneroka perbezaan ini. Sebagai contoh, saya terkejut dengan bilangan rendah kedudukan intron terpelihara yang dikenal pasti oleh de Roos. Dalam set data yang disebutkan di atas, terdapat hampir seribu intron yang dipelihara antara haiwan dan A. thaliana atau P. falciparum.

      Tanggapan pengarang

      Saya menyertakan perbandingan kaedah berbeza yang digunakan dan keputusan yang diperolehi dalam kedua-dua artikel yang disebutkan. Kaedah yang digunakan dalam artikel saya cukup ketat kerana memerlukan persamaan urutan tinggi di kawasan pendek. Konsep asas intron kuno, iaitu intron pada kedudukan yang sama dalam urutan yang serupa digunakan, jadi bukan sahaja kedudukan tetapi juga urutan tapak sambung harus sesuai. Saya menjangkakan bahawa carian yang lebih mirip BLAST dengan penjajaran jurang asid amino homolog akan menghasilkan intron yang lebih terpelihara. Skop bahagian pertama artikel bukan untuk mendapatkan set lengkap, tetapi untuk mengesahkan bahawa mereka ada dan mempelajari beberapa ciri.

      4) Banyak tafsiran yang saya rasa agak spekulatif dan tidak disokong oleh data. Sebagai contoh, dengan melihat begitu banyak intron, adalah dijangka bahawa beberapa perlawanan akan berlaku secara kebetulan. Beberapa simulasi yang bertujuan untuk melukis ambang untuk nombor ini akan dialu-alukan.

      Tanggapan pengarang

      Seperti yang disebutkan dalam artikel ini secara eksplisit, ada kemungkinan bias dalam metode pencarian, yang diselidiki dan ditunjukkan dalam Rajah ​ Rajah.5 5 dan dalam Rajah ​ Rajah.6 6 yang diukur. Keputusan menyokong hipotesis teori Exon, dan saya telah berhati-hati untuk tidak mencadangkan bahawa mereka membuktikan intron-awal. Lihat juga perbincangan dr. Ulasan Roy.

      5) Analisis mengenai berlakunya kedudukan intron terpelihara dalam gen purba dibentangkan dengan cara yang mengelirukan. Saya amat mengesyorkan penulis untuk menulis semula ini. Walaupun begitu, saya mempunyai kebimbangan serius mengenai analisis tersebut. Pertama, nampaknya de Roos memanggil gen kuno apabila terdapat beberapa pemuliharaan di jendela 10 residu. Saiz tetingkap ini harus ditingkatkan kepada sekurang-kurangnya saiz purata domain protein. Tambahan pula, nampaknya pangkalan data CDD tidak digunakan di sini.

      Tanggapan pengarang

      Saya menulis semula analisis. Saya memanggil intron purba apabila ia terletak dalam jujukan terpelihara, iaitu terdapat kesamaan tapak sambatan (6/10) serta keserupaan gen keseluruhan yang diukur pada tambahan 20 (2 × 10) asid amino, keseluruhan persamaan sekurang-kurangnya 12/30. Dalam pendekatan saya, ini menghasilkan pilihan gen terpelihara yang kuat, dan kebanyakan jujukan yang dipadankan adalah ahli domain protein terpelihara dan berkongsi fasa yang serupa.

      Tanggapan pengarang

      Tidak ada anggapan apriori mengenai hubungan gen dan pangkalan data CDD memang tidak digunakan untuk mencari set terpelihara, tetapi digunakan untuk mengesahkan keabadian set tersebut. Sebagai Rajah. & # X200B Gambar.6 6 menunjukkan, apabila hanya 8/10 kesamaan tapak penyambungan yang digunakan, kebanyakan urutan dipelihara seperti yang ditunjukkan oleh kesamaan urutan ke atas dan ke hilir. Menurunkan ini menjadi 6/10 tetapi memerlukan tambahan 6/20 (jumlah 12/30) terpilih hanya gen terpelihara. Walaupun dengan hanya tapak splice yang serupa (2 × 3 identical) dan tiada persamaan lagi, jujukannya adalah dalam 42.1% gen yang dikongsi dengan prokariot dan 52.6% adalah ahli domain terpelihara (lihat teks).

      6) Tafsiran yang diperolehi daripada analisis mengenai kekunoan gen yang dikenal pasti adalah sejenis bulatan. Sudah tentu, jika syarat diwujudkan pada peringkat awal perancangan bahawa perlawanan akan dianggap sebagai perlawanan hanya jika melibatkan kerajaan yang berpecah lama dahulu, saya menjangkakan set data saya diperkaya dengan protein purba.

      Tanggapan pengarang

      Artikel ini terdiri daripada dua bahagian. Pada mulanya, saya cuba mendapatkan satu set intron terpelihara dengan mencarinya secara khusus. Oleh kerana saya meminta kedudukan intron yang serupa antara urutan yang menyimpang di pohon eukariotik, set data akan diperkaya untuk protein kuno. Saya kemudian melihat sama ada pengayaan ini disebabkan oleh kehadiran intron, atau semata-mata intrinsik kepada kaedah yang digunakan. Seperti yang dapat dilihat dalam kawalan dari Gambar & # x200B Gambar 5, 5, & # x200B, 6, 6, & # x200B, 7, 7, kehadiran intron membuat perbezaan baik dalam pemuliharaan fasa dan jujukan keseluruhan. Saya membuat kesimpulan bahawa pengayaan jujukan ini adalah disebabkan oleh kehadiran intron, dan bukan hasil kaedah. Dalam Hasil dan juga bahagian Perbincangan, saya membuat ini lebih jelas.

      Laporan pengulas 3

      Gáspár Jékely, Makmal Biologi Molekul Eropah, Heidelberg, Jerman

      Makalah ini menerangkan kaedah baharu untuk mengenal pasti kedudukan intron terpelihara dalam taksa eukariotik yang berkait jauh. Ini didasarkan pada melihat urutan protein pendek yang membentang di sekitar lokasi sambungan dan mencari urutan serupa yang mempunyai intron pada kedudukan yang sesuai, dan bukannya menentukan dan menyelaraskan ortologi dan kemudian memetakan posisi intron ke penjajaran. Menggunakan kaedah ini, pengarang mengenal pasti 218 intron dengan fasa yang sama di tapak homolog yang mungkin menjejak kembali ke evolusi awal eukariota. Kaedahnya baru dan menarik. Saya mempunyai beberapa ulasan tentang cara menambah baik pembentangan dan analisis keputusan.

      1) Satu masalah adalah bahawa konteks filogenetik tidak ditentukan secara eksplisit. Tidak cukup merujuk kepada kerajaan, terutama dalam kasus protista. Sekiranya intron dikongsi oleh haiwan, kulat (dan sebagai tambahan oleh protista choanoflagellate), itu tidak bermaksud, bahawa ia ada di nenek moyang eukariotik biasa. Taburan phyletic setiap intron yang dikenal pasti yang dikongsi oleh dua atau lebih kerajaan harus diperiksa terhadap pohon eukariota yang dipermudahkan tetapi berakar termasuk spesies yang sedang dikaji (sebaiknya mengambil pohon yang berakar di antara Unikonts dan Bikonts). Hanya dengan cara ini pengarang boleh membina semula kedudukan intron terpelihara dengan pasti yang berkemungkinan besar telah wujud dalam nenek moyang bersama eukariotik terakhir.

      Tanggapan pengarang

      Selaras dengan komen pengulas lain, saya telah melemahkan kesimpulan tentang masa asal intron berdasarkan keputusan yang dibentangkan di sini. Sebaliknya, artikel itu diletakkan lebih sebagai sokongan tambahan untuk teori gen Exon, dengan demonstrasi intron terpelihara dalam gen purba seperti fosfatase..

      2) Semua intron terpelihara yang dikenal pasti harus ditunjukkan dalam kata atau lembaran excel sebagai maklumat tambahan.

      Tanggapan pengarang

      Saya kini menjadikan keseluruhan set tersedia untuk dimuat turun, termasuk set yang masih termasuk gen homolog (cth Arac10 dan Arac13, atau gpc2 dan GapC mewakili jujukan yang sangat homolog.

      3) "Intron bersama dalam domain protein kuno"

      Apabila hasil carian CDD dibentangkan, ia harus dibentangkan bersama kawalan, sebaik-baiknya sebagai jadual atau graf. Berhati-hati harus diambil semasa merancang set kawalan (atau set). Ia harus dipilih berdasarkan kriteria yang sama, termasuk taburan phyletic. Ia agak rumit, memandangkan 'set keputusan' adalah heterogen dalam hal ini.Kontrol harus sama saiz sampel, dan memandangkan heterogenitas dan sampel kecil yang terbaik adalah dengan mengambil sampel kawalan berkali-kali secara bebas (mis. Untuk memiliki lima set kawalan

      200 urutan yang menunjukkan tahap kesamaan urutan yang sama merentasi jarak phyletic yang sama dengan 'set hasil'). Pemilihan untuk urutan yang sangat terpelihara jelas akan menghasilkan pengayaan domain terpelihara. Reka bentuk kawalan sangat penting untuk penafsiran hasil yang betul, dan harus dijelaskan secara terperinci dalam teks.

      Tanggapan pengarang

      Saya telah menambahkan perenggan yang menerangkan kaedah dan hasilnya dengan lebih terperinci. Saiz sampel tidak diberikan dengan betul dan ukuran sampel untuk kawalan tidak disertakan, dan ini telah diubah. Hasilnya dalam Ara. & # x200B Rajah.3 3 dan & # x200B dan4 4 tidak mempunyai kawalan langsung, mereka mewakili intron terpelihara yang berpotensi dan mewakili set berbeza yang digunakan dalam Gambar & # x200B Gambar6 6 dan & # x200B dan7. 7 . Ia disiasat sama ada ini adalah hasil bias dalam pertanyaan dan hanya mewakili sekumpulan intron terpelihara dalam gen terpelihara. Eksperimen kuantitatif di Ara. & # x200B Rajah.6 6 dan & # x200B dan7 7 menunjukkan potensi bias ini dalam situasi terkawal, di mana satu-satunya perbezaan antara set adalah kehadiran intron. Hubungan positif antara kehadiran intron dan keabadian urutan dianggap sebagai sokongan untuk hipotesis bahawa intron sememangnya kuno.

      4) "Kejadian intron yang dipelihara dalam gen kuno yang disukai"

      Dalam analisis untuk mengenal pasti hentaman prokariotik, hanya urutan yang mempunyai "sejumlah residu asid amino yang serupa dari 6 (2 & # x000d7 3) di sekitar tapak sambatan (maya)". Ini bermaksud 19 urutan. Analisis sebaiknya diulang untuk keseluruhan set (218 urutan), dengan set kawalan yang sesuai (lihat di atas).

      Tanggapan pengarang

      Seperti yang dapat dilihat dalam grafik Gambar. & # X200B Gambar 6, 6, terdapat tingkap kecil di mana perbezaan dapat dilihat pada zaman kuno gen. Kesamaan yang lebih rendah (2 atau 4 residu yang sama) akan memilih positif positif, bilangan yang lebih tinggi hanya akan memilih urutan terpelihara dalam kedua-dua set. Sekiranya keseluruhan set diambil, maka kesannya akan hilang dalam kebisingan. Ini mewakili salah satu masalah dalam menganalisis data intron: memandangkan kehilangan intron yang sangat besar dan kemungkinan keuntungan semasa evolusi, bersama dengan kemungkinan gelongsor intron dan kepelbagaian protein yang berterusan, sukar untuk mengetahui isyarat kuno dalam kebisingan ini.

      Di halaman 2 penulis menulis: "Ramalan terkuat dari senario intron-awal adalah adanya inton yang dipelihara antara protein ortologis yang menyimpang pada awal garis keturunan eukariotik." Saya tidak fikir ia betul. Sekiranya intron berasal lebih awal semasa evolusi eukariota, tetapi masih kemudian gen prokariotik, iaitu bukan sebagai blok bangunan gen pertama yang akan dipasang, seseorang juga akan menjangkakan terdapat banyak intron terpelihara antara ortologi eukariotik.

      Tanggapan pengarang

      Saya menukar pengenalan. Walaupun dijangkakan pada intron-awal, intron yang dipelihara serasi dengan intron-lewat. Seperti yang telah disebutkan dalam artikel di perenggan terakhir Perbincangan, saya percaya bahawa genom leluhur prokariota dan eukariota adalah genom eukariotik dengan ciri seperti intron dan peninggalan RNA (mis. Ribosom dan spliceosom). Sehubungan itu, eukariotik awal dan kuno akan menjadi sinonim.

      Halaman 2/3: "Didapati bahawa intron yang dipelihara sering dijumpai dalam domain protein kuno" kata 'khusus' terlalu kuat di sini, ini bermaksud bahawa intron yang dipelihara hanya terdapat di domain kuno, yang tidak demikian (ia adalah 53%).

      Tanggapan pengarang

      Berubah menjadi 'berkorelasi positif dengan urutan kuno'.

      Perkataan 'kuno' sering digunakan sebagai sinonim dari 'terpelihara' tetapi tentu saja tidak sama. Cth. halaman 5 "Oleh itu, berdasarkan hasil ini, intron sepertinya terletak pada gen kuno, sesuai dengan senario intron-awal" ini agak terpelihara, maka semestinya gen 'kuno'.

      Tanggapan pengarang

      Memeriksa rujukan yang tidak sesuai untuk kuno dan yang terpelihara.

      halaman 7: "Kesimpulannya, data yang disajikan di sini menunjukkan tingginya kejadian intron dalam gen kuno, diikuti oleh kehilangan intron yang besar dalam evolusi." Kejadian tinggi terdengar terlalu kuat, sebanyak 218 intron dikenal pasti. Kerugian intron tidak ditangani dalam makalah, ini memerlukan pemetaan sebaran intron yang dipelihara ke pohon filogenetik.

      Tanggapan pengarang

      Saya menukar ini. Tafsiran saya terhadap data, dengan sudut pandang teori Exon, adalah bahawa domain kuno mengandungi banyak intron kerana banyak ditemui dalam fosfatase misalnya (Gamb. & # X200B (Gamb. 4). 4). Jumlah intron terpelihara yang agak rendah dijumpai (251) menunjukkan bahawa banyak yang hilang semasa evolusi, atau urutannya menyimpang dan tidak diambil dengan kaedah semasa. Dalam artikel itu terdapat dua set yang ditunjukkan. Yang pertama terdiri dari satu set intron terpelihara, berdasarkan syarat bahawa setiap 6 dari 10 residu harus sama, set kedua terdiri daripada 5 pertanyaan berasingan di mana kedudukan tepat residu yang sama ditentukan.

      Halaman 7: "Hasil ini mendukung gagasan intron kuno dan sukar didamaikan dengan asal intron pada akhir evolusi, walaupun penyisipan langsung setelah perpecahan eukariota-prokariota tidak dapat dikecualikan berdasarkan hasil terkini." Saya lebih suka mengatakan bahawa hasilnya baik menyokong kehadiran nenek moyang intron di nenek moyang eukariota. Ini cukup menarik, dan keseluruhan makalah dan perbincangan akan menjadi lebih baik jika pengarang tidak berusaha untuk berdebat terlalu kuat untuk model, yang tidak disokong oleh data, tetapi lebih baik membincangkan apa yang dapat disimpulkan oleh seseorang dari hasilnya .

      Tanggapan pengarang

      Saya telah mengubah fokus pada perbezaan antara intron-lewat dan introns-awal (yang tidak disokong dengan baik oleh data yang disajikan) ke arah sokongan untuk teori gen Exon. Saya membuat lebih jelas bahawa, jika dilihat pada intron-lewat, data ini tidak akan mengecualikan senario introns-late.


      Tonton videonya: ORIGIN OF SPLICEOSOMAL INTRONS (Oktober 2022).