Maklumat

QPCR: Mengakaunkan jisim sampel yang berbeza apabila mentafsir dan membandingkan Ct

QPCR: Mengakaunkan jisim sampel yang berbeza apabila mentafsir dan membandingkan Ct


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Saya cuba menggunakan qPCR untuk mengukur jumlah spesies bakteria tertentu dalam kahak pesakit, tetapi saya tidak benar-benar mempunyai pilihan untuk menggunakan kuantiti kahak yang konsisten untuk mengeluarkan DNA daripadanya. qPCR berfungsi dengan baik, tetapi setelah saya mendapat keputusan Ct, apakah cara terbaik untuk mengambil kira fakta bahawa saya menggunakan jisim kahak yang berbeza?


Jika anda sentiasa menggunakan jumlah relativ hasil input anda untuk setiap sampel, maka anda perlu membetulkan nilai Ct anda untuk hasil DNA mutlak setiap sampel. Jika anda tidak dapat mengukur hasil DNA setiap sampel, maka anda hanya perlu menganggap ia bergantung secara langsung pada jisim input sputum. Andaian ini agak salah, kerana pengukuran DNA langsung adalah lebih tepat dan tidak dipengaruhi oleh berat sebelah daripada perbezaan kecekapan pengekstrakan DNA atau kesan kelompok.

Oleh kerana nilai Ct mewakili kitaran qPCR tunggal dalam fasa linear di mana DNA sasaran digandakan, anda perlu melaraskan nilai CT sebanyak +1 untuk sampel dengan separuh input DNA dan sebanyak -1 untuk sampel dengan input berganda (atau secara amnya $Ct_{dilaraskan} = Ct - log_2(inputfactor)$ ). Sudah tentu kaedah menormalkan ini mengandaikan bahawa kandungan relatif DNA sasaran anda dalam sampel adalah bebas daripada jumlah hasil sampel (yang mungkin benar atau mungkin tidak; jika spesies bakteria khusus anda membiak banyak lebih banyak dalam satu pesakit berbanding yang lain ini mungkin menjejaskan kedua-dua jumlah DNA relatif dan mutlak).